Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego | USOSownia - uniwersyteckie forum USOSoweNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Modelowanie molekularne

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1200-MMOL-OG Kod Erasmus / ISCED: 13.3 / (0531) Chemia
Nazwa przedmiotu: Modelowanie molekularne
Jednostka: Wydział Chemii
Grupy: Przedmioty ogólnouniwersyteckie na Uniwersytecie Warszawskim
Przedmioty ogólnouniwersyteckie ścisłe i spoza UW
Przedmioty ogólnouniwersyteckie Wydziału Chemii
Punkty ECTS i inne: 1.50
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

ogólnouniwersyteckie

Założenia (opisowo):

Podstawowa wiedza z zakresu chemii, biochemii i fizyki.

Skrócony opis:

Wykład zapoznaje z podstawowymi technikami modelowania molekularnego i wspomagającymi je serwisami internetowymi.

Pełny opis:

Znaczenie modelowania molekularnego w naukach przyrodniczych. Podstawowe techniki modelowania molekularnego i ich połączenie z fizycznym doświadczeniem. Niektóre podstawowe pakiety oprogramowania i bazy danych. Dynamika molekularna, algorytmy, problemy stabilności algorytmów MD. Dynamika Browna. Problem skończonych rozmiarów układów modelowych. Zależne od modeli pól siłowych modyfikacje algorytmów MD. Metody Monte Carlo. Generatory liczb pseudolosowych. Metoda Metropolisa. Różne zespoły statystyczne. Metoda uogólnionych zespołów. Metoda replik. Zastosowanie różnych technik modelowania molekularnego do poszukiwania globalnego minimum energii potencjalnej. Badanie przejść fazowych i równowag dyfuzyjnych; wybór metody i warunków brzegowych; krytyczne spowolnienie. Modele mezoskopowe i zredukowane. Modelowanie makromolekuł i dużych układów biologicznych. Dokowanie ligandów. Membrany. Upraszczanie przestrzeni konformacyjnej. Potencjały: średniej siły i statystyczne. Modelowanie dla wielu skal czasowych. Dynamika Monte Carlo i jej łączenie z Dynamika Browna i klasyczną Dynamiką Molekularną.

Literatura:

1. P. von Rague Schleyer, Encyclopedia of Compuational Chemistry, Wiley 1998

2. K. Binder, D. W. Heermann, Monte Carlo Simulations in Statistical Physics, Springer 2002

3. D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press, 2001

Efekty kształcenia:

Po wysłuchaniu tego wykładu studenci powinni znać podstawowe metody modelowania molekularnego. W trakcie wykładu student zapoznaje się z metodami minimalizacji, dynamika molekularną i metodami Monte Carlo. Studenci zdobywają również praktyczne umiejętności posługiwania się metodami modelowania molekularnego w chemii fizycznej i organicznej.

Metody i kryteria oceniania:

Zaliczenie na ocenę na podstawie testu pisemnego lub zaliczenie na podstawie obecności dla studentów, którzy rozpoczęli studia przed rokiem akademickim 2005/2006.

Praktyki zawodowe:

nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2016/17" (zakończony)

Okres: 2016-10-01 - 2017-01-27
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin, 10 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Dominik Gront, Andrzej Koliński
Prowadzący grup: Dominik Gront, Andrzej Koliński
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/18" (w trakcie)

Okres: 2017-10-01 - 2018-01-26
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Wykład, 15 godzin, 10 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Dominik Gront, Andrzej Koliński
Prowadzący grup: Dominik Gront, Andrzej Koliński
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.