University of Warsaw - Central Authentication SystemYou are not logged in | log in
course directory - help

Virtual reality methods in bioinformatics

General data

Course ID: 1000-718MWR Erasmus code / ISCED: (unknown) / (unknown)
Course title: Virtual reality methods in bioinformatics Name in Polish: Metody wirtualnej rzeczywistości w bioinformatyce
Department: Faculty of Mathematics, Informatics, and Mechanics
Course groups: Specific programme courses of 2nd stage Bioinformatics
ECTS credit allocation (and other scores): 6.00
view allocation of credits
Language: Polish
Type of course:

obligatory courses

Full description: (in Polish)

Treści kształcenia: Środowisko wirtualnej rzeczywistości systemów Mathematica lub innego modelowego środowiska w badaniach wybranych, prostych układów modelowych. Praktyczna analiza wybranych przykładów. Zasady wizualizacji 3D. Przegląd technologii VR. Metody wirtualnej rzeczywistości w badaniach struktury i dynamiki bardziej złożonych układów. Podstawowe elementy specjalizowanego systemu wirtualnej rzeczywistości do trójwymiarowej wizualizacji i manipulowania strukturami (bio)molekularnymi, np. NAMD/VMD. Siły molekularne na poziomie mikroskopowym (o atomowej zdolności rozdzielczej) i/lub mezoskopowym (z wykorzystaniem efektywnych potencjałów dla całych grup molekularnych). Konfigurowanie specjalizowanego systemu wirtualnej rzeczywistości z wykorzystaniem środowiska VMD oraz pakietu symulacyjnego NAMD do wizualizacji oraz manipulowania strukturami molekularnymi, lub innego środowiska o podobnej funkcjonalności. Podstawy metody dynamiki molekularnej. Sterowana (interaktywna) dynamika molekularna (steered Molecular Dynamics) z uwzględnieniem sił generowanych przez badacza. Sterowana dynamika molekularna w zastosowaniach praktycznych. Zastosowania metod VR do generowania zmian konformacji badanych układów oraz do dockingu małych ligandów. Inne zastosowania metod VR.

Bibliography: (in Polish)

NAMD user's guide

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/ug/

VMD User's guide

Learning outcomes: (in Polish)

umiejętności i kompetencje: Zapoznanie studentów z podstawami teorii oraz technologii systemów wirtualnej rzeczywistości. Nabycie praktycznych umiejętności zastosowań technik VR w badaniach struktury i funkcji układów (bio)molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemów.

Wiedza:

zna podstawowe teorie oraz technologie systemów wirtualnej rzeczywistości (K_W05)

Umiejętności:

potrafi stosować techniki wirtualnej rzeczywistości w badaniach struktury i funkcji układów molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemów. (K_U08)

Assessment methods and assessment criteria: (in Polish)

projekt zaliczeniowy

Classes in period "Summer semester 2019/20" (past)

Time span: 2020-02-17 - 2020-08-02
Choosen plan division:


magnify
see course schedule
Type of class: Lab, 30 hours more information
Lecture, 30 hours more information
Coordinators: Bogdan Lesyng
Group instructors: Bogdan Lesyng
Students list: (inaccessible to you)
Examination: Examination

Classes in period "Summer semester 2020/21" (future)

Time span: 2021-02-22 - 2021-06-13
Choosen plan division:


magnify
see course schedule
Type of class: Lab, 30 hours more information
Lecture, 30 hours more information
Coordinators: Bogdan Lesyng
Group instructors: (unknown)
Students list: (inaccessible to you)
Examination: Examination
Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by University of Warsaw.