Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Technologie w skali genomowej 2

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-719TG2 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Technologie w skali genomowej 2
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy:
Punkty ECTS i inne: (brak)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Skrócony opis:

Techniczne i algorytmiczne aspekty nowoczesnych technik w skali genomowej. Zapoznanie się z zaletami i ograniczeniami różnych technik sekwencjonowania. Przykłady problemów i typowych dla nich metod statystycznych i algorytmicznych. Szczególny nacisk będzie położony na metody sekwencjonowania DNA i RNA oraz algorytmy do analizy różnych danych pochodzących z tego rodzaju eksperymentów.

Pełny opis:

Omówienie różnych technik sekwencjonowania nowej generacji. Porównanie typowych zastosowań dla różnych metod, ich zalet i ograniczeń. Projektowanie eksperymentów skwencjonowania oraz metody statystyczne dla kontroli jakości wykonanych eksperymentów.

Metody analizy danych :

-w kontekście znanych genomów:

- sekwencjonowanie całych genomów

- sekwencjonowanie próbek selekcjonowanych (transkryptomy, egzomy, immunoprecypitacja)

- sekwencjonowanie "de novo" bez znajomości genomu

- sekwencjonowanie "metagenomów"

Problemy algorytmiczne i ich typowe rozwiązania:

- Asemblacja sekwencji na podstawie krótkich odczytów (m.in. zastosowania grafów deBruijna)

- mapowanie do genomów (m.in. transformata Burrows'a-Wheeler'a i index Ferragina-Manzini'ego)

- Wykrywanie i reprezentacja osobniczych różnic w genomach (analiza pojedynczych mutacji oraz zaburzeń liczby kopii w różnego rodzaju danych genomowych).

Problemy związane z szacowaniem różnic pomiędzy eksperymentami:

- rozkłądy stosowane do wykrywania różnicowej ekspresji genów w RNA-seq

- wykrywanie microRNA i long-non-coding-RNA w danych z sekwencjonowania

Literatura:

"Large-scale Genome sequence processing" M. Kasahara i S. Morishita, Imperial College Press, 2006

"Bioinformatics for HIgh Throughput Sequencing" M. Rodrigez-Ezpeleta, M. Hackenbetrg i A.M. Aransay, Springer, 2012

Efekty uczenia się:

Wiedza:

- znajomość typowych technik całogenomowych nowej generacji

- znajomość podstawowych rozkładów statystycznych opisujących nowoczesne pomiary na skalę genomową i algorytmów do ich analizy

Umiejętności:

- umiejętność wyboru właściwej techniki do zastosowania w danym problemie biologicznym.

- umiejętność właściwiego zaprojektowania eksperymentów z

wykorzystaniem technologii wielkoskalowych

genomicznych i proteomicznych oraz analiza otrzymanych

danych (K_U15)

- umiejętność wyboru modelu statystycznego do reprezentacji wyniku eksperymentu

- umiejętność implementacji wybranych algorytmów do analizy danych z sekwencjonowania nowej generacji

Metody i kryteria oceniania:

Podczas laboratorium, studenci będą pracować nad projektami zaliczeniowymi związanymi z analizą danych z sekwencjonowania. Ocena końcowa jest pochodną oceny z projektu i egzaminu ustnego.

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.