University of Warsaw - Central Authentication SystemYou are not logged in | log in
course directory - help

Genome-scale technologies 2

General data

Course ID: 1000-719TG2 Erasmus code / ISCED: (unknown) / (unknown)
Course title: Genome-scale technologies 2 Name in Polish: Technologie w skali genomowej 2
Department: Faculty of Mathematics, Informatics, and Mechanics
Course groups:
ECTS credit allocation (and other scores): (not available)
view allocation of credits
Language: Polish
Type of course:

obligatory courses

Short description: (in Polish)

Techniczne i algorytmiczne aspekty nowoczesnych technik w skali genomowej. Zapoznanie się z zaletami i ograniczeniami różnych technik sekwencjonowania. Przykłady problemów i typowych dla nich metod statystycznych i algorytmicznych. Szczególny nacisk będzie położony na metody sekwencjonowania DNA i RNA oraz algorytmy do analizy różnych danych pochodzących z tego rodzaju eksperymentów.

Full description: (in Polish)

Omówienie różnych technik sekwencjonowania nowej generacji. Porównanie typowych zastosowań dla różnych metod, ich zalet i ograniczeń. Projektowanie eksperymentów skwencjonowania oraz metody statystyczne dla kontroli jakości wykonanych eksperymentów.

Metody analizy danych :

-w kontekście znanych genomów:

- sekwencjonowanie całych genomów

- sekwencjonowanie próbek selekcjonowanych (transkryptomy, egzomy, immunoprecypitacja)

- sekwencjonowanie "de novo" bez znajomości genomu

- sekwencjonowanie "metagenomów"

Problemy algorytmiczne i ich typowe rozwiązania:

- Asemblacja sekwencji na podstawie krótkich odczytów (m.in. zastosowania grafów deBruijna)

- mapowanie do genomów (m.in. transformata Burrows'a-Wheeler'a i index Ferragina-Manzini'ego)

- Wykrywanie i reprezentacja osobniczych różnic w genomach (analiza pojedynczych mutacji oraz zaburzeń liczby kopii w różnego rodzaju danych genomowych).

Problemy związane z szacowaniem różnic pomiędzy eksperymentami:

- rozkłądy stosowane do wykrywania różnicowej ekspresji genów w RNA-seq

- wykrywanie microRNA i long-non-coding-RNA w danych z sekwencjonowania

Bibliography: (in Polish)

"Large-scale Genome sequence processing" M. Kasahara i S. Morishita, Imperial College Press, 2006

"Bioinformatics for HIgh Throughput Sequencing" M. Rodrigez-Ezpeleta, M. Hackenbetrg i A.M. Aransay, Springer, 2012

Learning outcomes: (in Polish)

Wiedza:

- znajomość typowych technik całogenomowych nowej generacji

- znajomość podstawowych rozkładów statystycznych opisujących nowoczesne pomiary na skalę genomową i algorytmów do ich analizy

Umiejętności:

- umiejętność wyboru właściwej techniki do zastosowania w danym problemie biologicznym.

- umiejętność właściwiego zaprojektowania eksperymentów z

wykorzystaniem technologii wielkoskalowych

genomicznych i proteomicznych oraz analiza otrzymanych

danych (K_U15)

- umiejętność wyboru modelu statystycznego do reprezentacji wyniku eksperymentu

- umiejętność implementacji wybranych algorytmów do analizy danych z sekwencjonowania nowej generacji

Assessment methods and assessment criteria: (in Polish)

Podczas laboratorium, studenci będą pracować nad projektami zaliczeniowymi związanymi z analizą danych z sekwencjonowania. Ocena końcowa jest pochodną oceny z projektu i egzaminu ustnego.

This course is not currently offered.
Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by University of Warsaw.