University of Warsaw - Central Authentication SystemYou are not logged in | log in
course directory - help

Informatics

General data

Course ID: 1400-112INF Erasmus code / ISCED: 11.9 / (0619) Information and Communication Technologies (ICTs), not elsewhere classified
Course title: Informatics Name in Polish: Informatyka
Organizational unit: Faculty of Biology
Course groups: Requisite courses for first-year students of Biology
Requisite subjects for first-year students of Biotechnology
Requisite subjects for first-year students of Environmental Protection
Course homepage: http://biol.uw.edu.pl/informatyka
ECTS credit allocation (and other scores): 3.00
Language: Polish
Type of course:

general courses
obligatory courses

Prerequisites (description):

In biology computers are used extensively: as calculating machines, as test editors and as source of information in the internet. There are more and more programs designed exclusively for biologists. The development of information technology in recent years has been a huge. Now, without additional guidance, young peoples don't know, how the computer has to support their studies.


"Informatics" teaches about computers, operating systems and the functioning of the Internet, but first of all the "Informatics" shows the ways of using the computers by biologists.

Mode:

Classroom

Short description:

The use of computer and Internet resources on the study and research work of biologists. Discovering the functioning of nature by numbers, functions and graphs. The formulation of hypotheses and the need for its statistical analysis. Testing by simulations. Display of own research in the form of presentations, posters, thesis and websites. Rules of article citations. Tables of contents, references, list of citations in computer editors.

Full description: (in Polish)

1. Arkusze kalkulacyjne. Ćwiczenia z tworzenia baz danych i stosowania i ich opracowania w sposób ogólnie przyjęty w biologii. Excel i arkusz kalkulacyjny programu LibreOffice.

2. Bazy danych jako programy do tworzenia i przekształcania dużych zbiorów danych. Access i baza danych programu LibreOffice.

3. Liczenie i liczby. Zapis liczb i znaków w programach komputerowych. Liczby całkowite i zmiennoprzecinkowe w systemie binarnych i dziesiętnym. Strony kodowe i unikod. Programy R i Python.

4. Programowanie, programy i skrypty. Grupowanie instrukcji, instrukcje warunkowe i pętle. Funkcje i procedury w R i Pythonie. Definiowanie własnych funkcji i ich wywołanie.

5. Bazy danych w R i ich opracowywanie. Obiekty R-owe: wektory, listy i ramki danych. Działania i funkcje na obiektach R-owych.

6. Tworzenie wykresów w R. Organizacja okna graficznego w R. Nadrzędne i podrzędne funkcje graficzne. Kolorystyka. Formaty graficzne dla utworzonych wykresów.

7. Sposoby prezentowania badań naukowych w biologii: postery i prezentacje. Typowa konstrukcja pracy naukowej w biologii. Szukanie danych w Internecie (nazewnictwo gatunków, bazy taksonomiczne, korzystanie z Google Earth i baz bibliotecznych). Inkscape, Power point i prezentacja programu Libre Office.

8. Praca dyplomowa: szukanie szablonów, konstrukcja pracy materiałowej i wypełnianie jej treścią. Sposoby wprowadzania do pracy materiałów wizualnych. Powoływanie się na materiały wizualne. Cytowanie literatury i tworzenie listy cytowanych prac.

9. Wstęp do statystyki. Zastosowanie programu R do rozwiązania klasycznego historycznego problemu: wykrywania źródeł epidemii. Rozkłady i losowanie prób z rozkładów. Rozkłady z prób o coraz większej liczbie elementów. Rozkład średnich z prób n-elementowych. Centralne twierdzenie graniczne sprawdzane eksperymentalnie. Zagadnienia estymacji. Czy stosowany w biologii wzór na odchylenie standardowe z próby jest nieobciążonym estymatorem odchylenia standardowego?

10. Wykorzystanie programu R do hierarchicznego porządkowania danych. Tworzenie drzewa binarnego. Pojęcie łańcucha Markowa na przykładzie prostego modelu dynamiki liczebności populacji. Macierz stochastyczna. Rozwiązywanie równań różniczkowych metodami numerycznymi: metoda Eulera i Rangego-Kutty.

Ponadto cztery zajęcia przeznaczone są na pokazy posterów i wysłuchanie prezentacji studentów, konsultacje i nadrabianie zaległości. Ostatnie zajęcia tuż przed sesją zimową przeznaczone na nadrobienie zaległości i wystawienie ocen.

Bibliography: (in Polish)

nieobowiązkowa, ale przydatna zarówno podczas ćwiczeń z Informatyki, jak równiż podczas całego okresu studiów.

Weiner J., 2009: Technika pisania i prezentowania przyrodniczych prac naukowych. Przewodnik praktyczny. PWN, Warszawa , Wyd. 4. 157 ss..

Evans M. 2010. SAS Manual For Introduction to the Practice of Statistics. University of Toronto, on line:

www.utstat.utoronto.ca/mikevans/manuals/evanssasman.pdf

Biecek P., 2011: Przewodnik po pakiecie R. Wydawnictwo Gewert i Skoczylas. Wyd. 2. 410 ss.

Learning outcomes: (in Polish)

- Wykazuje znajomość informatyki na poziomie pozwalającym na opisywanie zjawisk przyrodniczych; wykorzystuje narzędzia informatyczne do opisu wybranych zjawisk biologicznych. (biol K_W01; bt K_W03; os K_W01).

- Zna odpowiednie techniki informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych (biol K_W16).

- Potrafi posługiwać się komputerem i źródłami elektronicznymi w celu przeprowadzenia wybranych typów analiz oraz znajdowania i wykorzystywania Wolnego Oprogramowania (biol K_U04; bt K_U03).

- Stosuje podstawowe techniki informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych (biol K_U09; os K_U02).

- Odczuwa potrzebę stałego dokształcania się i aktualizowania wiedzy z zakresu informatyki (biol K_K04, os K_K02).

- Rozwija akceptująca postawę wobec metod informatycznych stosowanych w biotechnologii (bt K_K02).

Assessment methods and assessment criteria: (in Polish)

Zaliczenie na ocenę. W czasie semestru studenci wykonują szereg zadań praktycznych, piszą i modyfikują skrypty po to by rozwiązać zadanie. Za każde zadanie dostają punkty, a ich ilość decyduje o ocenie końcowej z przedmiotu.

Szczegóły i analiza postępów poszczególnych studentów umieszczana jest na stronie http://www.biol.uw.edu.pl/informatyka.

Classes in period "Winter semester 2020/21" (past)

Time span: 2020-10-01 - 2021-01-31
Choosen plan division:


magnify
see course schedule
Type of class: Class, 45 hours more information
Coordinators: Paweł Siedlecki, Miłosława Sokół
Group instructors: Łukasz Banasiak, Patryk Czortek, Przemysław Decewicz, Anna Drożak, Maciej Jończyk, Rafał Milanowski, Miłosława Sokół, Piotr Tykarski
Students list: (inaccessible to you)
Examination: Course - Examination
Class - Grading

Classes in period "Winter semester 2021/22" (in progress)

Time span: 2021-10-01 - 2022-02-20
Choosen plan division:


magnify
see course schedule
Type of class: Class, 45 hours more information
Coordinators: Paweł Siedlecki, Miłosława Sokół
Group instructors: Łukasz Banasiak, Anna Bednarska, Patryk Czortek, Anna Drożak, Tomasz Krupnik, Maja Łukomska-Kowalczyk, Miłosława Sokół, Piotr Tykarski
Students list: (inaccessible to you)
Examination: Course - Examination
Class - Grading
Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by University of Warsaw.