Wstęp do bioinformatyki 2

obowiązkowe

Wykład oraz towarzysząca pracownia komputerowa przeznaczone są dla studentów drugiego roku makrokierunku „Bioinformatyka i biologia systemów” oraz dla trzeciego roku „Projektowania molekularnego i bioinformatyki”. Dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy białek, projektowania leków, analizy obrazowej oraz wstępu do biologii systemów.

Wykład oraz towarzysząca pracownia dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy białek, projektowania leków, analizy obrazowej oraz wstępu do biologii systemów. Ramowy program jest następujący:

1. Struktury biopolimerów. Grafika molekularna – narzędzia

2. Metody symulacji (MM, MC, MD, BD, etc)

3. Zwijanie białek (jako proces)

4. Modelowanie struktur białek

5. Oddziaływania białko-białko i sieci oddziaływań

6. Podstawy projektowania leków.

7. OMIKi i analiza danych eksperymentalnych pochodzących z –omik

8. Literature mining

9. Systems biology (idea)

10. Analiza informacji obrazowej

• Wprowadzenie do bioinformatyki, Lesk Arthur, PWN, Warszawa 2019
• Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Paul G. Higgs, PWN, Warszawa, 2011
• Podstawy bioinformatyki, Jin Xiong, Wydawnictwo UW, Warszawa 2011
• Understanding Bioinformatics, Zvelebil, Marketa J.; Baum, Jeremy O., Taylor & Francis Inc, 2007 (ISBN ISBN: 9780815340249)

Studenci biegle i ze zrozumieniem posługują się podstawowymi narzędziami bioinformatycznymi dostępnymi w pakietach programów oraz w postaci serwisów internetowych.

Zaliczenie przedmiotu jest dwuetapowe i składa się z pozytywnego wyniku z laboratoriów uzyskanego na podstawie:

• wykonania projektu i przedstawienia wyników projektu w formie prezentacji (10-15 min.)
• test z wiedzy o budowie i organizacji struktury białek
• obecność na zajęciach (dopuszczalne dwie nieusprawiedliwione nieobecności)

Uzyskanie zaliczenia z laboratorium dopuszcza do egzaminu (test) obejmującego zagadnienia z wiedzy teoretycznej (wykład) oraz umiejętności praktyczne (laboratioria).