Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Metody wirtualnej rzeczywistości w bioinformatyce

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-718MWR Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Metody wirtualnej rzeczywistości w bioinformatyce
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty kierunkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Pełny opis:

Treści kształcenia: Środowisko wirtualnej rzeczywistości systemów Mathematica lub innego modelowego środowiska w badaniach wybranych, prostych układów modelowych. Praktyczna analiza wybranych przykładów. Zasady wizualizacji 3D. Przegląd technologii VR. Metody wirtualnej rzeczywistości w badaniach struktury i dynamiki bardziej złożonych układów. Podstawowe elementy specjalizowanego systemu wirtualnej rzeczywistości do trójwymiarowej wizualizacji i manipulowania strukturami (bio)molekularnymi, np. NAMD/VMD. Siły molekularne na poziomie mikroskopowym (o atomowej zdolności rozdzielczej) i/lub mezoskopowym (z wykorzystaniem efektywnych potencjałów dla całych grup molekularnych). Konfigurowanie specjalizowanego systemu wirtualnej rzeczywistości z wykorzystaniem środowiska VMD oraz pakietu symulacyjnego NAMD do wizualizacji oraz manipulowania strukturami molekularnymi, lub innego środowiska o podobnej funkcjonalności. Podstawy metody dynamiki molekularnej. Sterowana (interaktywna) dynamika molekularna (steered Molecular Dynamics) z uwzględnieniem sił generowanych przez badacza. Sterowana dynamika molekularna w zastosowaniach praktycznych. Zastosowania metod VR do generowania zmian konformacji badanych układów oraz do dockingu małych ligandów. Inne zastosowania metod VR.

Literatura:

NAMD user's guide

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/ug/

VMD User's guide

Efekty uczenia się:

umiejętności i kompetencje: Zapoznanie studentów z podstawami teorii oraz technologii systemów wirtualnej rzeczywistości. Nabycie praktycznych umiejętności zastosowań technik VR w badaniach struktury i funkcji układów (bio)molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemów.

Wiedza:

zna podstawowe teorie oraz technologie systemów wirtualnej rzeczywistości (K_W05)

Umiejętności:

potrafi stosować techniki wirtualnej rzeczywistości w badaniach struktury i funkcji układów molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemów. (K_U08)

Metody i kryteria oceniania:

projekt zaliczeniowy

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/20" (zakończony)

Okres: 2020-02-17 - 2020-08-02
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogdan Lesyng
Prowadzący grup: Bogdan Lesyng
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2021-02-22 - 2021-06-13
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Bogdan Lesyng
Prowadzący grup: (brak danych)
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.