Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania

Molecular Modelling

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	1200-2EN-MOLMLE3M
Kod Erasmus / ISCED:	13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu:	Molecular Modelling
Jednostka:	Wydział Chemii
Grupy:
Punkty ECTS i inne:	1.50 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia:	angielski
Rodzaj przedmiotu:	fakultatywne
Założenia (opisowo):	Znajomość podstaw chemii, biochemii i fizyki.
Skrócony opis:	Umiejętność praktycznego posługiwania się podstawowymi technikami modelowania molekularnego i wspomagającymi je serwisami internetowymi oraz zaprojektowania i wykonania obliczeń dla typowych zadań modelowania molekularnego w ujęciu mechaniki klasycznej
Pełny opis:	Znaczenie modelowania molekularnego w naukach przyrodniczych. Podstawowe techniki modelowania molekularnego i ich połączenie z fizycznym doświadczeniem. Niektóre podstawowe pakiety oprogramowania i bazy danych. Dynamika molekularna, algorytmy, problemy stabilności algorytmów MD. Dynamika Browna. Problem skończonych rozmiarów układów modelowych. Zależne od modeli pól siłowych modyfikacje algorytmów MD. Metody Monte Carlo. Generatory liczb pseudolosowych. Metoda Metropolisa. Różne zespoły statystyczne. Metoda uogólnionych zespołów. Metoda replik. Zastosowanie różnych technik modelowania molekularnego do poszukiwania globalnego minimum energii potencjalnej. Badanie przejść fazowych i równowag dyfuzyjnych; wybór metody i warunków brzegowych; krytyczne spowolnienie. Modele mezoskopowe i zredukowane. Modelowanie makromolekuł i dużych układów biologicznych. Dokowanie ligandów. Membrany. Upraszczanie przestrzeni konformacyjnej. Potencjały: średniej siły i statystyczne. Modelowanie dla wielu skal czasowych. Dynamika Monte Carlo i jej łączenie z Dynamika Browna i klasyczną Dynamiką Molekularną.
Literatura:	1. P. von Rague Schleyer, Encyclopedia of Compuational Chemistry, Wiley 1998 2. K. Binder, D. W. Heermann, Monte Carlo Simulations in Statistical Physics, Springer 2002 3. D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press, 2001
Efekty uczenia się:	Znajomość podstawowych metod modelowania molekularnego (minimalizacja, dynamika molekularna, metody Monte Carlo).
Metody i kryteria oceniania:	Test pisemny
Praktyki zawodowe:	nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2022/23" (zakończony)

Okres:	2022-10-01 - 2023-01-29	Wybrany podział planu: ten tydzień cykl przedmiotu zobacz plan zajęć
Typ zajęć:	Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy:	Dominik Gront
Prowadzący grup:	Andrzej Koliński
Lista studentów:	(nie masz dostępu)
Zaliczenie:	Zaliczenie na ocenę

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.