Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania

Bioinformatyka II

Informacje ogólne

Kod przedmiotu:	1200-3MON38L
Kod Erasmus / ISCED:	13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu:	Bioinformatyka II
Jednostka:	Wydział Chemii
Grupy:	Wykłady monograficzne w semestrze letnim (Szkoła Doktorska)
Punkty ECTS i inne:	1.50 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS: roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS; tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h; 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się; tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS; nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia:	polski
Kierunek podstawowy MISMaP:	biologia biotechnologia chemia fizyka informatyka matematyka
Rodzaj przedmiotu:	fakultatywne
Założenia (opisowo):	Zakłada się podstawową wiedzę z zakresu bioinformatyki. Student powinien wiedzieć m.in czym jest homologia, uliniowienie sekwencji, drzewa filogenetyczne, itp.
Skrócony opis:	Celem przedmiotu jest poszerzenie podstawowej wiedzy z bioinformatyki o wybrane zagadnienia i przedstawienie metod aktualnie wykorzystywanych. Przedstawione zostaną przede wszystkim metody analizy i modelowania struktur białek, które aktualnie wykorzystywane są w pracach badawczych z tej dziedziny
Pełny opis:	Tematyką zajęć jest sześć wybranych zagadnień - aktualnych i szeroko stosowanych metod bioinformatycznych: 1) Metody analizy skupień: zachłanne, k-średnich, podejścia hierarchiczne 3) Metody uczenia maszynowego, deep learning 2) Ukryte Modele Markowa i profile sekwencyjne 4) Metody przewlekania białek 5) Modelowanie porównawcze 6) Haszowanie geometryczne i pokrewne algorytmy analizy struktur W trakcie ostatnich, siódmych zajęć słuchacze zaprezentują wybraną publikację naukową wykorzystującą jedną z w/w metod badawczych
Literatura:	Publikacje przeglądowe polecane w trakcie wykładu
Efekty uczenia się:	Student: - rozumie teoretyczne podstawy prezentowanych metod bioinformatycznych - umie omówić zastosowany w nich algorytm - umie w praktyce zastosować wybrane narzędzia bioinformatyczne odpowiednio do postawionego problemu. Po zakończeniu nauki w ramach przedmiotu student powinien umieć dobrać narzędzie bioinformatyczne odpowiednio do swoich problemów badawczych, a także krytycznie przeanalizować uzyskane wyniki.
Metody i kryteria oceniania:	Zaprezentowanie wybranej publikacji naukowej z zakresu wykładu, omówienie metod bioinformatycznych zastosowanych w tejże pracy. Student musi być obecny na wszystkich zajęciach.
Praktyki zawodowe:	nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (w trakcie)

Okres:	2024-02-19 - 2024-06-16	Wybrany podział planu: tygodniowy cykl przedmiotu Przejdź do planu PN WT ŚR CZ PT
Typ zajęć:	Wykład monograficzny, 15 godzin, 10 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy:	Dominik Gront
Prowadzący grup:	Dominik Gront
Lista studentów:	(nie masz dostępu)
Zaliczenie:	Zaliczenie na ocenę

Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.