Modelowanie i Bioinformatyka Strukturalna
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1400-MBS |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Modelowanie i Bioinformatyka Strukturalna |
Jednostka: | Wydział Biologii |
Grupy: |
Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU |
Punkty ECTS i inne: |
3.00
|
Język prowadzenia: | polski |
Rodzaj przedmiotu: | fakultatywne |
Skrócony opis: |
Tematem zajęć będą techniki bioinformatyczne służące do badania białek w ujęciu ewolucyjnym. Przedstawiona zostanie wiedza z zakresu warsztatu (Linux, Python) oraz narzędzi do analizy struktur i sekwencji białek. Celem zajęć będzie przekazanie praktycznych umiejętności przeprowadzania zarówno analiz wysokoprzepustowych, nastawionych na opisanie różnorodności i ewolucji całych rodzin białkowych, jak i tych skupiających się na analizie pojedynczych białek, szczególnie w kontekście badań doświadczalnych. Zajęcia skierowane są do osób zainteresowanych poszerzaniem swojej wiedzy z zakresu podstaw programowania oraz analizy danych biologicznych. |
Pełny opis: |
Na zajęciach będą poruszane następujące zagadnienia: 1. Podstawy programowania w języku Python, podstawowe biblioteki (Pandas, Seaborn, Numpy, BioPython), wizualizacja i przetwarzanie dużej ilości danych 2. Homologa, analogia i koewolucja w kontekście sekwencji i struktur białkowych, pojęcia rodzin i domen białkowych oraz sposoby ich klasyfikacji 3. Bazy danych sekwencji i struktur (AFDB, ECOD, UniProt), dostęp do baz danych z poziomu Pythona 4. Metody sekwencyjne (HHsuite, HMMER, MMseqs2, CCmpred), wykrywanie homologii, określenie funkcji i klasyfikacja białek 5. Metody strukturalne (AlphaFold, FoldSeek, PyMol), modelowanie oligomerów, oddziaływań białko-białko oraz struktur włóknistych 6. Osadzenia (embeddingi) i modele językowe oraz narzędzia na nich oparte, takie jak pLM-BLAST oraz techniki wizualizacji tSNE/UMAP 7. Przeprowadzenie własnego doświadczenia w oparciu o zdobytą wiedzę. Projekt z puli dostępnych projektów lub samodzielnie wymyślony. |
Literatura: |
Xiong J. Podstawy bioinformatyki. Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa 2009 |
Efekty uczenia się: |
WIEDZA Ma elementarną wiedzę w obszarze bioinformatyki oraz rozumie jej związki i zależności z innymi dyscyplinami przyrodniczymi (K_W01). Wykazuje znajomość podstaw bioinformatyki, kategorii pojęciowych i terminologii oraz rozwoju metod badawczych w tej dziedzinie (K_W02). Wykorzystuje narzędzia matematyczne do opisu zjawisk biologicznych (K_W03). Zna podstawowe techniki i narzędzia bioinformatyczne używane do badania zjawisk przyrodniczych (K_W04). Posiada wiedzę na temat technik informatycznych i wykorzystuje narzędzia informatyczne do pozyskiwania informacji (K_W08). UMIEJĘTNOŚCI Stosuje techniki właściwe dla bioinformatyki (K_U01). Potrafi czytać ze zrozumieniem literaturę fachową dotyczącą bioinformatyki w języku angielskim (K_U02). Umie korzystać z dostępnych źródeł informacji (K_U03). Stosuje metody matematyczne i statystyczne na poziomie podstawowym do opisu zjawisk i analizy danych w bioinformatyce (K_U05). KOMPETENCJE SPOŁECZNE Rozwija postawę akceptującą metody matematyczne i statystyczne stosowane w bioinformatyce (K_K02). Wykazuje odpowiedzialność za własną pracę i powierzony sprzęt oraz szanuje pracę własną i innych (K_K03). Rozumie potrzebę przekazywania społeczeństwu informacji o nowych osiągnięciach w bioinformatyce i potrafi to robić w sposób zrozumiały (K_K06). |
Metody i kryteria oceniania: |
Realizacja projektu indywidualnego. |
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2024/25" (w trakcie)
Okres: | 2024-10-01 - 2025-01-26 |
Przejdź do planu
PN WT ŚR CZ CW
PT |
Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 45 godzin
|
|
Koordynatorzy: | Małgorzata Orłowska | |
Prowadzący grup: | Stanisław Dunin-Horkawicz, Kamil Kamiński, Małgorzata Orłowska | |
Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
Zaliczenie: | Egzamin | |
Pełny opis: |
Tematem zajęć będą techniki bioinformatyczne służące do badania białek w ujęciu ewolucyjnym. Przedstawiona zostanie wiedza z zakresu warsztatu (Linux, Python) oraz narzędzi do analizy struktur i sekwencji białek. Celem zajęć będzie przekazanie praktycznych umiejętności przeprowadzania zarówno analiz wysokoprzepustowych, nastawionych na opisanie różnorodności i ewolucji całych rodzin białkowych, jak i tych skupiających się na analizie pojedynczych białek, szczególnie w kontekście badań doświadczalnych. Zajęcia skierowane są do osób zainteresowanych poszerzaniem swojej wiedzy z zakresu podstaw programowania oraz analizy danych. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.