Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Bioinformatyka i analiza danych biomedycznych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-5D97MB Kod Erasmus / ISCED: 11.954 / (0619) Komputeryzacja (inne)
Nazwa przedmiotu: Bioinformatyka i analiza danych biomedycznych
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Seminaria magisterskie na bioinformatyce
Seminaria magisterskie na informatyce
Seminaria magisterskie na matematyce
Punkty ECTS i inne: 5.50 LUB 6.00 (zmienne w czasie)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

seminaria magisterskie

Skrócony opis:

Tematyka seminarium obejmuje podstawowe działy biologii obliczeniowej, takie jak: analiza sekwencji molekularnych, genomika porównawcza, ewolucja i organizacja genomów, rekonstrukcja sieci interakcji białek/genów, matematyczne modelowanie szlaków sygnałowych, analiza danych z mikromacierzy DNA i spektrometrii masowej, filogenetyka i ewolucja molekularna.

Pełny opis:

Niebywale burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki w tej dziedzinie. Obliczeniowa biologia molekularna jest bardzo

pojemnym działem, w którym stosowane są różnorodne metody matematyki i informatyki: algorytmika, kombinatoryka, metody probabilistyczne, statystyka.

Jest to obecnie bardzo intensywnie rozwijający się dział stanowiący przedmiot zainteresowania zarówno firm prywatnych, jak i większosci wiodących uniwersytetów.

Tematyka seminarium skupia się wokół algorytmicznych i matematycznych metod analizy danych molekularnych. Wiele referatów dotyczy aktualnych projektów badawczych, w których uczestniczy grupa biologii obliczeniowej (http://bioputer.mimuw.edu.pl). Ostatnio nasze zainteresowania dotyczą

następujących zagadnień:

- statystyczna analiza danych dostarczanych przez tzw biotechnologie o dużej przepustowości, takie jak mikromacierze DNA, mikromacierze CGH, spektrometria masowa. Analiza takich danych najczęsciej motywowana jest zastosowaniami medycznymi.

- ewolucja molekularna i filogenetyka. Interesują nas matematyczne modele ewolucji genomu oraz zagadnienia związane z konstrukcją i porównywaniem drzew filogenetycznych.

- rekonstrukcja i ewolucja sieci oddziaływań białkowych, rekonstrukcja sieci regulacji genów.

- analiza sekwencji molekularnych. Pracujemy nad nowymi algorytmami pozwalającymi porównywaa sekwencje DNA i białek, oraz analizujemy nowo-zsekwencjonowane genomy. Dwa ciekawe projekty w tej tematyce dotyczą analizy genomów fagów, oraz analizy sekwencji transpozonowych.

- matematyczne modelowanie szlaków sygnałowych. Staramy sie budować proste modele dla sygnalizacji międzykomórkowej, w oparciu o semantykę deterministyczną(równania różniczkowe) i stochastyczną (łańcuchy Markowa z czasem ciągłym).

W przypadku obecności cudzoziemców zajęcia będą prowadzone po angielsku.

Literatura:

Współczesna literatura z tej dziedziny, w tym czasopisma naukowe i dane z Internetu.

Szczegóły przedstawia prowadzący na pierwszych zajęciach.

Efekty uczenia się:

Wiedza

1. Ma ogólna wiedzę o problemach biologii obliczeniowej.

2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzedzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych.

Umiejętności

1. Potrafi przygotować prezentacje i wygłosić referat opierając się na artykułach naukowych lub wynikach własnych badań.

Kompetencje1. Zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego kształcenia (K_K01)

2. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K05)

Metody i kryteria oceniania:

wygłoszenie referatu, na 4 roku zatwierdzenie pracy magisterskiej na 5 roku złożenie pracy magisterskiej.

Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2018/19" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-06-08
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Seminarium magisterskie, 60 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Anna Gambin, Paweł Górecki
Prowadzący grup: Anna Gambin, Paweł Górecki
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie

Zajęcia w cyklu "Rok akademicki 2019/20" (w trakcie)

Okres: 2019-10-01 - 2020-06-10
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Seminarium magisterskie, 60 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Anna Gambin, Paweł Górecki
Prowadzący grup: Anna Gambin, Paweł Górecki
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.