Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Wstęp do bioinformatyki 1

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-711BI1 Kod Erasmus / ISCED: 11.303 / (0612) Database and network design and administration
Nazwa przedmiotu: Wstęp do bioinformatyki 1
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obowiązkowe dla II roku bioinformatyki
Punkty ECTS i inne: 4.50
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Skrócony opis:

Wykład i towarzysząca pracownia komputerowa przeznaczone są dla studentów drugiego roku makrokierunku „Bioinformatyka i biologia systemów” oraz dla trzeciego roku „Projektowania molekularnego i bioinformatyki”. Dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy genów, genomów i białek.

Pełny opis:

Wykład oraz towarzysząca pracownia dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy genów, genomów i białek. Ramowy program jest następujący:

1. Bazy danych dla biologii molekularnej i biotechnologii, przegląd, współzależności, bazy relacyjne.

2. Podstawowe operacje na jednej sekwencji nukleotydowej.

3. Porównywanie dwu sekwencji.

4. Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych przy użyciu sekwencji jako zapytań.

5. Porównywanie wielu sekwencji.

6. Ewolucja molekularna.

7. Analiza rodzin białek, reprezentacje.

8. Profile, HMM etc… Zaawansowane metody znajdowania podobieństwa sekwencji

9. Motywy sekwencji związane z funkcją. Motywy rodzin białek, sygnały segregacji do przedziałów komórki, sekwencje kontrolujące ekspresję genów.

10. Metody sekwencjonowania i składania genomów.

11. Odróżnianie kodujących i niekodujących sekwecji DNA (metody ab initio i oparte na homologii).

12. Adnotacja genomów.

13. Genomika porównawcza (na poziomie całych genomów) i funkcjonalna.

Literatura:

Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk (Jun 2, 2008)

Bioinformatyka: Podręcznik do analizy genów i białek, Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, Tłumaczenie: M. Cebrat, J. Leluk, P. Mackiewicz, PWN, Warszawa, 2005 (8301142111), lub późniejsze wydania

Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, Willey, (ISBN: 978-0-471-47878-2), lub późniejsze wydania

DNA. Tajemnica życia, J. D. Watson i A. Berry, wyd: CiS oraz W.A.B, Warszawa, 2005 (ISBN 83-7414-007-0)

DNA. The secret of life, J. D. Watson and A. Berry, wyd: A. F. Knopf, New York, 2003 (ISBN 0-375-41546-7)

Podstawy bioinformatyki, J. Xiong, wyd. WUW, Warszawa 2009 (ISBN 978-83-235-0511-2)

Efekty uczenia się:

Umiejętności:

potrafi analizować i porównywać sekwencje genomowe (K_U21)

potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi bioinformatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych (K_U19)

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/19" (zakończony)

Okres: 2018-10-01 - 2019-01-25
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 45 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Siedlecki, Piotr Zielenkiewicz
Prowadzący grup: Piotr Zielenkiewicz
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2019/20" (zakończony)

Okres: 2019-10-01 - 2020-01-27
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 45 godzin więcej informacji
Wykład, 15 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Siedlecki, Piotr Zielenkiewicz
Prowadzący grup: Piotr Zielenkiewicz
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.