Wstęp do bioinformatyki 1

obowiązkowe

Wykład i towarzysząca pracownia komputerowa przeznaczone są dla studentów drugiego roku makrokierunku „Bioinformatyka i biologia systemów” oraz dla trzeciego roku „Projektowania molekularnego i bioinformatyki”. Dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy genów, genomów i białek.

Wykład oraz towarzysząca pracownia dają podstawy zastosowań informatyki i nauk obliczeniowych do analizy genów, genomów i białek. Ramowy program jest następujący:

1. Bazy danych dla biologii molekularnej i biotechnologii, przegląd, współzależności, bazy relacyjne.

2. Podstawowe operacje na jednej sekwencji nukleotydowej.

3. Porównywanie dwu sekwencji.

4. Przeszukiwanie baz danych sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych przy użyciu sekwencji jako zapytań.

5. Porównywanie wielu sekwencji.

6. Ewolucja molekularna.

7. Analiza rodzin białek, reprezentacje.

8. Profile, HMM etc… Zaawansowane metody znajdowania podobieństwa sekwencji

9. Motywy sekwencji związane z funkcją. Motywy rodzin białek, sygnały segregacji do przedziałów komórki, sekwencje kontrolujące ekspresję genów.

10. Metody sekwencjonowania i składania genomów.

11. Odróżnianie kodujących i niekodujących sekwecji DNA (metody ab initio i oparte na homologii).

12. Adnotacja genomów.

13. Genomika porównawcza (na poziomie całych genomów) i funkcjonalna.

Bioinformatyka: Podręcznik do analizy genów i białek, Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette, Tłumaczenie: M. Cebrat, J. Leluk, P. Mackiewicz, PWN, Warszawa, 2005 (8301142111), lub późniejsze wydania

DNA. Tajemnica życia, J. D. Watson i A. Berry, wyd: CiS oraz W.A.B, Warszawa, 2005 (ISBN 83-7414-007-0)

Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk (Jun 2, 2008)

Podstawy bioinformatyki, J. Xiong, wyd. WUW, Warszawa 2009 (ISBN 978-83-235-0511-2)

- potrafi analizować i porównywać sekwencje genomowe (K_U21)

- potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi bioinformatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych (K_U19)

Zaliczenie przedmiotu (ćwiczenia + wykład) w formie egzaminu odbędzie się zdalnie przy pomocy platformy Kampus (test wielokrotnego wyboru).