Molekularne podstawy enzymologii

WYKŁAD:

Treści kształcenia: Poziomy organizacji strukturalnej białek, motywy strukturalne, klasyfikacja strukturalna białek, siły kształtujące struktury przestrzenne, folding, podstawy termodynamiki chemicznej, budowa białek enzymatycznych, mechanizmy katalizy enzymatycznej, typy kinetyki reakcji enzymatycznych, rodzaje reakcji katalitycznych i klasyfikacja enzymów, błonowe układy bioenergetyczne

ĆWICZENIA:

W skład zajęć wchodzą następujące zadania rachunkowe, laboratoryjne i komputerowe:

1.Przeliczenia biochemiczne i enzymatyczne. Podstawy spektrofotometrii

2. Podstawy symulacji reakcji chemicznych i enzymatycznych przy użyciu programu komputerowego Gepasi

3. Podstawy pomiarów reakcji enzymatycznych. Oznaczanie aktywności aminotransferaz w surowicy krwi królika.

4. Eksperymentalne wyznaczanie parametrów kinetycznych Km i Vmax dla dehydrogenazy L-mleczanowej

5. Rachunkowe metody wyznaczania parametrów kinetycznych enzymów.

6. Hamowanie reakcji enzymatycznych – symulacje w programie Gepasi oraz analiza danych

7. Mechanizmy reakcji enzymatycznych – symulacje w programie Gepasi oraz analiza danych

8. Zastosowanie programów komputerowych do analizy budowy przestrzennej enzymów.

Wiedza:

ma wiedzę na temat podstaw fizykochemicznych katalizy enzymatycznej (K_W03)

Umiejętności:

potrafi dokonać analizy i symulacji sieci biochemicznych na różnych poziomach przybliżeń (K_U23)

potrafi modelować układy biomolekularne oraz projektować inhibitory enzymów (K_U22)