Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna 1

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-715MM1 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna 1
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obieralne dla III roku bioinformatyki
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Założenia (opisowo):

Zakres wiedzy z Linuxa uznawany przez prowadzącego za podstawowy: znajomość edytora vi lub vim, podstawowe polecenia powłokowe (1.metaznaki (*,? i [...] oraz rozwijające nazwy ścieżek); 2.wyrażenia regularne (znak kropki, symbole: $, ^,*,[] i [^], {m,n}, (...), operatory rozszerzające w egrep i awk); 3.filtry (polecenia: grep, egrep, fgrep, cut, sort, uniq, tr, edytor strumieniowy sed, filtr tekstowy awk); 4.przeadresowania wejścia-wyjścia (operator: >, <, >>, <<[-]ogr, 2>, 2>&1, zmienna noclobber), 4.potoki (polecenie tee)) oraz ssh i scp- materiały dostępne na www.bioexploratorium.pl/wiki

Zakres wiedzy ze znajomości struktury i właściwości podstawowych aminokwasów - polecana książka: Biochemia L. Stryer.

Tryb prowadzenia:

w sali

Pełny opis:

Treści kształcenia:

Od sekwencji i struktury białek do ich dynamiki i funkcji. Przegląd podstawowych metod analizy sekwencji i struktury białek. Przewidywanie struktury białek metodami homologicznego modelowania. Podstawy metod mechaniki i dynamiki molekularnej oraz ich zastosowań w badaniach struktury i dynamiki z wykorzystaniem popularnych pakietów molekularnego modelowania. Fizyka oddziaływań białek z niskocząsteczkowymi ligandami. Wykorzystanie wybranego, popularnego pakietu modelowania w procesach dockingu. Na pracowni wykorzystywane będą m.in. ogólnie dostępne pakiety NAMD/VMD oraz AutoDock jak również komercyjne pakiety oprogramowania: MOE i/lub Schrodinger, Molecular Conceptor, Accelrys i/lub Tripos.

Literatura:

Tutorial do MOE (file:///c:/program%20files/moe/html/tutorials/moetour.html)

Tutorial do VMD i NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/)

Tutorial do Yasary (w programie)

Materiały z wykładów (dostępne na www.bioexploratorium.pl/wiki)

Wykłady Molecular Conceptora - dostępne na komputerach w pracowni.

Efekty uczenia się:

umiejętności i kompetencje: Nauczenie studentów podstaw modelowania matematycznego i komputerowego układów biomolekularnych, ich dynamiki oraz symulacji wybranych procesów regulacyjnych, z wykorzystaniem metod mechaniki i dynamiki molekularnej, metod Monte-Carlo, modeli pól molekularnych oraz podstaw teorii systemów. Studenci zapoznają się ze znanymi i popularnymi pakietami modelowania i projektowania molekularnego jak również z technologią wirtualnej rzeczywistości. Wykład i ćwiczenia przygotują słuchaczy do samodzielnego modelowania układów biomolekularnych, oraz projektowania inhibitorów enzymów – potencjalnych leków.

Metody i kryteria oceniania:

Wykład kończy się egzaminem na ocenę, który odbywa się na ostatnich zajęciach. Do egzaminu może podejść każdy student, który ma zaliczony raport pierwszy i zaliczył kartkówki z ćwiczeń (max. 5) Egzamin jest w formie testu. Pytania testowe są w formie otwartej, a ilość pytań jest uzależniona od stopnia ich trudności. Za cały test można uzyskać 100pkt. Zalicza ponad 50% pkt. Otrzymanie wpisu jest uwarunkowane oddaniem wszystkich (3) raportów z ćwiczeń (poprawnie napisanych), i następuje w chwili ich oddania, ale nie później niż do końca semestru. Ćwiczenia są prowadzone w formie praktycznej i są zintegrowane z treścią wykładów. Po każdym ćwiczeniu należy oddać raport. Raporty są oceniane w zakresie 2-6. Raporty wysyła się na adres e-mail prowadzącego, wpisując w temacie "raport X" (gdzie X= 1,2,3 lub I, II, III). Prowadzący po sprawdzeniu raportu przesyła wiadomość o jego zaliczeniu ( z podaniem oceny) lub poprawie (z wypunktowaniem błędów). Pierwsza poprawa raportu jest bez wpływu na ocenę z niego. Poprawiony raport jest oceniany. Termin oddania raportu ustala prowadzący. Nieoddanie raportu w terminie powoduje o obniżenie o ocenę w dół za każdy pełny tydzień zwłoki. Na poprawę raportu jest dwa tygodnie. Jeśli student otrzyma z raportów nie więcej niż jedną 4, a z pozostałych 5 lub 6, zostanie mu podwyższona ocena z przedmiotu o jeden stopień w górę. Jeśli student z raportu otrzyma tylko jedną 2 będzie musiał przystąpić do zaliczenia części materiału, którą obejmuje raport. Zaliczenie jest w formie praktycznej. Jeśli otrzyma więcej niż jedną 2 z raportów, zaliczenie będzie obejmowało cały materiał. Zaliczenia te odbywają się w czasie sesji egzaminacyjnej. Prowadzący wymaga znajomości podstaw Linuxa (część wymagań z programu Pracowni Technologii Informacyjnej z I roku) i zakłada, że studenci taką wiedzę posiadają. Studenci mogą oczekiwać, krótkich kartkówek na ćwiczeniach z materiału wykładu i odbytych ćwiczeń. Kartkówki będą zapowiadane. Pierwsza kartkówka odbywa się zawsze na 3 ćwiczeniach i dotyczy znajomości struktury i właściwości podstawowych aminokwasów. Kartkówki są na zaliczenie, nie na ocenę, a ich zaliczenie jest warunkiem dopuszczenia do egzaminu z przedmiotu.

Praktyki zawodowe:

Praktyki można odbyć w CD BioExploratorium i w Laboratorium Biomodelowania IMDiK im. Mossakowskiego

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/21" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2020-10-01 - 2021-01-31
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Krystiana Krzyśko
Prowadzący grup: Krystiana Krzyśko
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.