Architektura dużych projektów bioinformatycznych
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 1000-717ADP | Kod Erasmus / ISCED: |
11.954
 /
(0619) Komputeryzacja (inne)
|
| Nazwa przedmiotu: | Architektura dużych projektów bioinformatycznych | ||
| Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki | ||
| Grupy: |
Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
||
| Strona przedmiotu: | http://regulomics.mimuw.edu.pl/wp/category/teaching/apb/ | ||
| Punkty ECTS i inne: |
6.00  zobacz reguły punktacji |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
||
| Założenia (opisowo): | Umiejętność programowania w pythonie Podstawy bioinformatyki |
||
| Tryb prowadzenia: | w sali |
||
| Skrócony opis: |
Tworzenie większych projektów oprogramowania na potrzeby bioinformatyki. Studenci tworzą wspólnie większy projekt, zapoznają się z systemami kontroli wersji i współpracy w zespole. Omawiamy historię powstania i rozwoju wiodących bibliotek oprogramowania. Dyskutujemy możliwe opcje przy wyborze licencji pod jaką oprogramowanie jest udostępniane. Omawiamy rolę oprogramowania o dostępnym kodzie źródłowym dla reprodukowalności wyników badań. |
||
| Pełny opis: |
Formaty danych w bioinformatyce. Projekty Bioperl, Biopython i podobne. Metadane, ontologie, schematy baz danych. Generic Model Organism Database (GMOD) . BioMart i BioMoby. Przeglądarki genomowe, wersje lokalne i online. Rozwój dużych projektów, wykorzystanie systemów kontroli wersji (SVN, GIT), systemy współpracy online - github, sourceforge. Licencjonowanie oprogramowania dla nauki. Licencje wolno-dostępne. Testowanie oprogramowanie, automatyzacja testów. Wprowadzenie do systemu Galaxy. Omówienie systemu Taverna.Użycie publicznie udostępnianych procedur z serwisu MyExperiment. Pakiety obliczeniowe - Rstudio, jupyter, |
||
| Literatura: |
Materiały do wykładu na stronie www: http://regulomics.mimuw.edu.pl/wp/category/teaching/apb/ |
||
| Efekty uczenia się: |
- ma wiedzę o technologiach zarządzania danymi biologicznymi (K_W01) - ma wiedzę o technologiach zarządzania oprogramowaniem bioinformatycznym (K_W02) - ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych i etycznych związanych z działalnością naukową i dydaktyczną (K_W11) -potrafi tworzyć zaawansowane procedury analizy danych ( K_U03) - umie posługiwać się systemami do tworzenia procedur bioinformatycznych (K_U04) - potrafi w przystępny sposób opisać cel, założenia i algorytm procedury bioinformatycznej (K_U05) |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
zespołowy projekt zaliczeniowy i prezentacja na wybrany temat egzamin ustny z treści teoretycznych |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (jeszcze nie rozpoczęty)
| Okres: | 2021-02-22 - 2021-06-13 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Laboratorium, 30 godzin więcej informacji Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Łukasz Kozłowski | |
| Prowadzący grup: | Łukasz Kozłowski | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.