Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Architektura dużych projektów bioinformatycznych

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-717ADP Kod Erasmus / ISCED: 11.954 / (0619) Komputeryzacja (inne)
Nazwa przedmiotu: Architektura dużych projektów bioinformatycznych
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Strona przedmiotu: https://www.mimuw.edu.pl/~lukaskoz/teaching/adp/
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: angielski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Założenia (opisowo):

Umiejętność programowania w pythonie

Podstawy bioinformatyki

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Zapoznanie się ze strukturą większych projektów bioinformatycznych. Studenci tworzą wspólnie większy projekt, zapoznają się z systemami kontroli wersji i współpracy w zespole. Omawiają historię powstania i rozwoju wiodących bibliotek oprogramowania bioinformatycznego. Dyskutują na temat możliwych opcji wyboru licencji pod jaką oprogramowanie jest udostępniane. Omawiają rolę oprogramowania o dostępnym kodzie źródłowym dla reprodukowalności wyników badań.

Pełny opis:

Formaty danych w bioinformatyce.

Projekty Bioperl, Biopython i podobne.

Najważniejsze bioinformatyczne bazy danych (UniProt, PDB, RefSeq, GenBank, ENA, InterPro i inne).

Licencjonowanie oprogramowania dla nauki. Licencje wolno-dostępne. Patentowanie.

Rozwój dużych projektów, wykorzystanie systemów kontroli wersji (SVN, GIT), systemy współpracy online - github, sourceforge.

Testowanie oprogramowanie, automatyzacja testów.

Metadane, ontologie, schematy baz danych. Generic Model Organism Database (GMOD). BioMart i BioMoby.

Przeglądarki genomowe, wersje lokalne i online.

Wprowadzenie do systemu Galaxy. Omówienie systemu Taverna. Użycie publicznie udostępnianych procedur z serwisu MyExperiment.

Pakiety obliczeniowe - Rstudio, jupyter

Literatura:

Materiały do wykładu na stronie www:

https://www.mimuw.edu.pl/~lukaskoz/teaching/adp/

Efekty uczenia się:

- ma wiedzę o technologiach zarządzania danymi biologicznymi (K_W01)

- ma wiedzę o technologiach zarządzania oprogramowaniem bioinformatycznym (K_W02)

- ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych i etycznych związanych z działalnością naukową i dydaktyczną (K_W11)

- potrafi tworzyć zaawansowane procedury analizy danych ( K_U03)

- umie posługiwać się systemami do tworzenia procedur bioinformatycznych (K_U04)

- potrafi w przystępny sposób opisać cel, założenia i algorytm procedury bioinformatycznej (K_U05)

Metody i kryteria oceniania:

oceny z prac domowych związanych z poszczególnymi laboratoriami oraz zespołowy projekt zaliczeniowy i prezentacja na wybrany temat

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2020/21" (w trakcie)

Okres: 2021-02-22 - 2021-06-13
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Łukasz Kozłowski
Prowadzący grup: Łukasz Kozłowski
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.