Projektowanie leków
Informacje ogólne
| Kod przedmiotu: | 1000-717PRL | Kod Erasmus / ISCED: |
11.954
 /
(0619) Komputeryzacja (inne)
|
| Nazwa przedmiotu: | Projektowanie leków | ||
| Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki | ||
| Grupy: |
Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
||
| Strona przedmiotu: | https://furan.ibb.waw.pl/dokuwiki/doku.php?id=ddesign:drugd | ||
| Punkty ECTS i inne: |
6.00  zobacz reguły punktacji |
||
| Język prowadzenia: | polski | ||
| Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
||
| Tryb prowadzenia: | zdalnie |
||
| Skrócony opis: | |||
| Pełny opis: |
Metody obrazowania powierzchni receptorów. Najważniejsze typy oddziaływania niekowalencyjnych. Analiza centrum aktywnego (kieszeni wiążącej), dopasowanie ligand-receptor, wpływ rozpuszczalnika. - Makromolekuły jako cel działania leku. Sposoby przygotowania receptora - Przegląd baz małych cząsteczek, metody przeszukiwania baz (2D, 3D). - Porównywanie cząsteczek – metody wyliczania podobieństwa, deskryptory molekularne, współczynnik podobieństwa i współczynnik odległości (Tanimoto, Dice) - Metody projektowania bibliotek (różnorodność), - Wybór „lekopodobnych cząsteczek”, reguła Lipińskiego, chemia kombinatoryczna. - Wykorzystanie baz cząstek chemicznych do dokowania (przegląd algorytmów i oprogramowania). - Projektowanie de-novo, automatyczne metody tworzenia cząsteczek. - Projektowanie na podstawie znanych związków bądź cech (farmakoforu), projektowanie analogów. - Ocena konformacji ligand-receptor, porównywanie energii wiązania. Metody oceny; macierz błędu, krzywe ROC oraz AUC oraz Współczynnik wzbogacenia (EF) - Uczenie maszynowe w projektowaniu leków, zastosowanie, trening i walidacja metod. |
||
| Efekty uczenia się: |
- zna typowe problemy projektowania leków (K_W07) - ma podstawową wiedzę dotyczącą uwarunkowań prawnych i etycznych związanych z działalnością naukową i dydaktyczną (K_W11) - zna ogólne zasady tworzenia i rozwoju form indywidualnej przedsiębiorczości, wykorzystującej wiedzę z zakresu bioinformatyki (K_W12) - potrafi analizować strukturę i funkcję układów biomolekularnych związanych z procesami chorobowymi (K_U10) - potrafi wykorzystywać nabytą wiedzę w innych dziedzinach, m.in. w diagnostyce medycznej, projektowaniu leków oraz w zagadnieniach biologii medycznej, genomiki, proteomiki oraz biologii systemów (K_U11) - potrafi dokonać analizy właściwości zarówno małych cząsteczek jak i receptora (K_U12) - potrafi dokonać wyboru metody projektowania leków w zależności od typu problemu i danych jakimi dysponuje (K_U13) - ma świadomość odpowiedzialności za podejmowane inicjatywy badań, eksperymentów lub obserwacji (K_K02) - rozumie i docenia znaczenie uczciwości intelektualnej w działaniach własnych i innych osób; postępuje etycznie (K_K03) - potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy (K_K06) |
||
| Metody i kryteria oceniania: |
- Do zaliczenia laboratoriów konieczna jest obecność na zajęciach oraz oddanie raportów/skryptów w terminie. - Skuteczne wykonanie projektów półsemestralnych. - W indywidualnych, szczególnych przypadkach dopuszczona negocjacja innych warunków zaliczenia. - Zaliczenie laboratorium jest warunkiem dopuszczenia do egzaminu. - Egzamin jest pisemny, w formie szeregu pytań otwartych zarówno teoretycznych jak i praktycznych analiz do wykonania. - Przewidywane są dwa terminy egzaminu oraz termin zerowy. - Do ustalenie konkretnych terminów dochodzi w drugiej połowie semestru, na 3 tyd. przed sesją egzaminacyjną. - Egzamin będzie przeprowadzony w trybie zdalnym. |
||
Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/21" (zakończony)
| Okres: | 2020-10-01 - 2021-01-31 |
 
 zobacz plan zajęć |
| Typ zajęć: |
Ćwiczenia, 30 godzin więcej informacji Wykład, 30 godzin więcej informacji |
|
| Koordynatorzy: | Paweł Siedlecki | |
| Prowadzący grup: | Paweł Siedlecki | |
| Lista studentów: | (nie masz dostępu) | |
| Zaliczenie: | Egzamin |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.