Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Metody molekularne w ekologii -W

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1400-235MME-W Kod Erasmus / ISCED: 13.104 / (0511) Biologia
Nazwa przedmiotu: Metody molekularne w ekologii -W
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU
Punkty ECTS i inne: (brak)
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Kierunek podstawowy MISMaP:

biologia

Rodzaj przedmiotu:

monograficzne

Wymagania (lista przedmiotów):

Ekologia ogólna 1400-112EKOO
Genetyka z inżynierią genetyczną 1400-114GEN-OG

Założenia (opisowo):

Znajomość podstaw genetyki i podstawowych procesów ekologicznych oraz ewolucyjnych.

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

W trakcie wykładu zostaną przestawione metody genetyki molekularnej stosowane w badaniach gatunków niemodelowych i ich wykorzystanie do badań ekologicznych i ewolucyjnych. Omówione zostaną następujące zagadnienia: specyficzne techniki laboratoryjne, genetyczne markery molekularne, techniki NGS (sekwencjonowania wielkoskalowego) w ekologii molekularnej, podstawy genetyki populacyjnej, podstawy genetyki konserwatorskiej, analiza działania doboru.

Pełny opis:

Współczesna ekologia i biologia ewolucyjna rutynowo stosują techniki biologii molekularnej. Specyfika materiału i pytań badawczych sprawia jednak, że zarówno wykorzystywane techniki, jak i sposób analizy danych, różni się od metody stosowanych w badaniach gatunków modelowych.

Ze względu na interdyscyplinarny charakter, poruszane na wykładzie treści będą przydatne zarówno dla biologów molekularnych czy biotechnologów, którzy w swojej pracy spotykają niestandardowe gatunki, jak i dla ekologów planujących poszerzyć swoje umiejętności.

Na wykładzie zostaną omówione następujące zagadnienia:

1. Techniki laboratoryjne specyficzne dla gatunków niemodelowych: metody zbierania prób, izolacja DNA z trudnych materiałów (włosy, kości itd.).

2. Markery molekularne: zmienność RFLP, AFLP, mikrosatelitarna, DNA mitochondrialne i chloroplastowe. Dobór markera w zależności od pytań badawczych.

3. Genetyka populacji: miary zmienności genetycznej w populacjach i między nimi, tempo przepływu genów, izolacja, tempo migracji, struktura populacji

4. Genetyka konserwatorska, badania zagrożonych gatunków, szacowanie depresji wsobnej, zagrożenia ginących gatunków na poziomie genetycznym, populacje izolowane.

5. Badanie tempa ewolucji, szacowanie kierunku i siły działania doboru na podstawie różnych sekwencji.

6. Wykorzystanie technik NGS (sekwencjonowania wielkoskalowego) w ekologii i badaniach ewolucyjnych: RAD-Seq, ddRAD-Seq, GWAS

Literatura:

Podręczniki:

DL Hartl, AG Clark. 2009. Podstawy genetyki populacyjnej. Wydawnictwo UW.

JR Freeland. 2008. Ekologia molekularna. PWN

JC Avise. 2008 Markery molekularne historia naturalna i ewolucja. PWN

AJ Bakre. 2000. Molecular methods in ecology. Blackwell Science Ltd

R Frankham, JD Ballou, DA Briscoe (2003) Introduction to conservation genetics. Cambridge University Press

Efekty uczenia się:

Znajomość specyfiki pracy z gatunkami niemodelowymi.

Znajomość technik wykorzystywanych w ekologii molekularnej oraz metod statystycznych do ich analizy.

Znajomość problemów genetyki konserwatorskiej.

Metody i kryteria oceniania:

egzamin

Praktyki zawodowe:

nie dotyczy

Przedmiot nie jest oferowany w żadnym z aktualnych cykli dydaktycznych.
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.