University of Warsaw - Central Authentication System
Strona główna

Molecular modelling and computational structural biology 1

General data

Course ID: 1100-3BP14
Erasmus code / ISCED: 13.203 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (unknown)
Course title: Molecular modelling and computational structural biology 1
Name in Polish: Modelowanie molekularne i obliczeniowa biologia strukturalna cz. I
Organizational unit: Faculty of Physics
Course groups: (in Polish) Przedmioty obieralne dla II-III roku bioinformatyki (dla programu studiów od roku 2021/22)
APBM - Molecular Modelling and Bioinformatics; 3rd year courses
ECTS credit allocation (and other scores): 6.00 Basic information on ECTS credits allocation principles:
  • the annual hourly workload of the student’s work required to achieve the expected learning outcomes for a given stage is 1500-1800h, corresponding to 60 ECTS;
  • the student’s weekly hourly workload is 45 h;
  • 1 ECTS point corresponds to 25-30 hours of student work needed to achieve the assumed learning outcomes;
  • weekly student workload necessary to achieve the assumed learning outcomes allows to obtain 1.5 ECTS;
  • work required to pass the course, which has been assigned 3 ECTS, constitutes 10% of the semester student load.
view allocation of credits
Language: Polish
Type of course:

obligatory courses
Prerequisites (description):

(in Polish) Zakres wiedzy z Pracowni Technologii Informacyjnej z I roku uznawany przez prowadzącego za podstawowy: znajomość edytora vi lub vim, podstawowe polecenia powłokowe (1.metaznaki (*,? i [...] oraz rozwijające nazwy ścieżek); 2.wyrażenia regularne (znak kropki, symbole: $, ^,*,[] i [^], {m,n}, (...), operatory rozszerzające w egrep i awk); 3.filtry (polecenia: grep, egrep, fgrep, cut, sort, uniq, tr, edytor strumieniowy sed, filtr tekstowy awk); 4.przeadresowania wejścia-wyjścia (operator: >, <, >>, <<[-]ogr, 2>, 2>&1, zmienna noclobber), 4.potoki (polecenie tee))oraz ssh i scp- materiały dostępne na www.bioexploratorium.pl/wiki

Zakres wiedzy ze znajomości struktury i właściwości podstawowych aminokwasów - polecana książka: Biochemia L. Stryer.
Full description: (in Polish)

Treści kształcenia:

Od sekwencji i struktury białek do ich dynamiki i funkcji. Przegląd podstawowych metod analizy sekwencji i struktury białek. Przewidywanie struktury białek metodami homologicznego modelowania. Podstawy metod mechaniki i dynamiki molekularnej oraz ich zastosowań w badaniach struktury i dynamiki z wykorzystaniem popularnych pakietów molekularnego modelowania. Fizyka oddziaływań białek z niskocząsteczkowymi ligandami. Wykorzystanie wybranego, popularnego pakietu modelowania w procesach dockingu. Na pracowni wykorzystywane będą m.in. ogólnie dostępne pakiety NAMD/VMD oraz AutoDock jak również komercyjne pakiety oprogramowania: MOE i/lub Schrodinger, Molecular Conceptor, Accelrys i/lub Tripos.

Bibliography: (in Polish)

Tutarial do MOE (file:///c:/program%20files/moe/html/tutorials/moetour.html)

Tutorial do VMD i NAMD (http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/)

Tutorial do Yasara

Materiały z wykładów (dostępne na www.bioexploratorium.pl/wiki)

Wykłady Molecular Conceptora - dostępne na komputerach w pracowni

Learning outcomes:

Students learn the basics of mathematical modeling and computer biomolecular systems, dynamics and simulation of selected regulatory processes using the methods of mechanic and molecular

dynamics, Monte-Carlo methods, molecular models, and the basics of systems theory. Students become familiar with well-known and popular molecular modeling and design packages as well as

the virtual reality technology. The lecture and exercises prepare students for independent modeling of biomolecular systems and designing of enzyme inhibitors – potential drugs.
Assessment methods and assessment criteria: (in Polish)

Wykład kończy się egzaminem na ocenę, który odbywa się na ostatnich zajęciach. Do egzaminu może podejść każdy student, który ma zaliczony raport pierwszy i zaliczył kartkówki z ćwiczeń (max. 5) Egzamin jest w formie testu. Pytania testowe są w formie otwartej, a ilość pytań jest uzależniona od stopnia ich trudności. Za cały test można uzyskać 100pkt. Zalicza ponad 50% pkt. Otrzymanie wpisu jest uwarunkowane oddaniem wszystkich (3) raportów z ćwiczeń (poprawnie napisanych), i następuje w chwili ich oddania, ale nie później niż do końca semestru. Ćwiczenia są prowadzone w formie praktycznej i są zintegrowane z treścią wykładów. Po każdym ćwiczeniu należy oddać raport. Raporty są oceniane w zakresie 2-6. Raporty wysyła się na adres e-mail prowadzącego, wpisując w temacie "raport X" (gdzie X= 1,2,3 lub I, II, III). Prowadzący po sprawdzeniu raportu przesyła wiadomość o jego zaliczeniu ( z podaniem oceny) lub poprawie (z wypunktowaniem błędów). Pierwsza poprawa raportu jest bez wpływu na ocenę z niego. Poprawiony raport jest oceniany. Termin oddania raportu ustala prowadzący. Nieoddanie raportu w terminie powoduje o obniżenie o ocenę w dół za każdy pełny tydzień zwłoki. Na poprawę raportu jest dwa tygodnie. Jeśli student otrzyma z raportów nie więcej niż jedną 4, a z pozostałych 5 lub 6, zostanie mu podwyższona ocena z przedmiotu o jeden stopień w górę. Jeśli student z raportu otrzyma tylko jedną 2 będzie musiał przystąpić do zaliczenia części materiału, którą obejmuje raport. Zaliczenie jest w formie praktycznej. Jeśli otrzyma więcej niż jedną 2 z raportów, zaliczenie będzie obejmowało cały materiał. Zaliczenia te odbywają się w czasie sesji egzaminacyjnej. Prowadzący wymaga znajomości podstaw Linuxa (część wymagań z programu Pracowni Technologii Informacyjnej z I roku) i zakłada, że studenci taką wiedzę posiadają. Studenci mogą oczekiwać, krótkich kartkówek na ćwiczeniach z materiału wykładu i odbytych ćwiczeń. Kartkówki będą zapowiadane. Pierwsza kartkówka odbywa się zawsze na 3 ćwiczeniach i dotyczy znajomości struktury i właściwości podstawowych aminokwasów. Kartkówki są na zaliczenie, nie na ocenę, a ich zaliczenie jest warunkiem dopuszczenia do egzaminu z przedmiotu.
Practical placement: (in Polish)

Praktyki można odbyć w CD BioExploratorium i w Laboratorium Biomodelowania IMDiK im. Mossakowskiego

Classes in period "Winter semester 2023/24" (past)

Time span: 2023-10-01 - 2024-01-28
Selected timetable range:
Navigate to timetable
Type of class:
Classes, 60 hours more information
Lecture, 30 hours more information
Coordinators: Krystiana Krzyśko
Group instructors: Krystiana Krzyśko
Students list: (inaccessible to you)
Examination: Examination

Classes in period "Winter semester 2024/25" (future)

Time span: 2024-10-01 - 2025-01-26
Selected timetable range:
Navigate to timetable
Type of class:
Classes, 60 hours more information
Lecture, 30 hours more information
Coordinators: Krystiana Krzyśko
Group instructors: (unknown)
Students list: (inaccessible to you)
Examination: Examination
Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by University of Warsaw.
Krakowskie Przedmieście 26/28
00-927 Warszawa tel: +48 22 55 20 000 https://uw.edu.pl/ contact accessibility statement USOSweb 7.0.3.0 (2024-03-22)