Bioinformatics and Molecular Modelling

General data

Course ID:	1100-5PM11
Erasmus code / ISCED:	(unknown) / (unknown)
Course title:	Bioinformatics and Molecular Modelling
Name in Polish:	Bioinformatyka i modelowanie
Organizational unit:	Faculty of Physics
Course groups:
ECTS credit allocation (and other scores):	(not available) Basic information on ECTS credits allocation principles: the annual hourly workload of the student’s work required to achieve the expected learning outcomes for a given stage is 1500-1800h, corresponding to 60 ECTS; the student’s weekly hourly workload is 45 h; 1 ECTS point corresponds to 25-30 hours of student work needed to achieve the assumed learning outcomes; weekly student workload necessary to achieve the assumed learning outcomes allows to obtain 1.5 ECTS; work required to pass the course, which has been assigned 3 ECTS, constitutes 10% of the semester student load. view allocation of credits
Language:	Polish
Main fields of studies for MISMaP:	biotechnology chemistry physics
Prerequisites (description):	(in Polish) Zakładana jest znajomość matematyki, fizyki, chemii i biologii w zakresie programu studiów licencjackich.
Mode:	Classroom
Short description:	(in Polish) Wykład poświęcony technikom modelowania komputerowego i analizy układów biomolekularnych. Poruszane w trakcie wykładu zagadnienia obejmują: mechanikę i dynamikę molekularną, elementy bioinformatyki oraz komputerowo wspomaganego projektowania leków.
Full description:	(in Polish) Zagadnienia poruszane w toku wykładu: A) mechanika molekularna - pola siłowe - modele pełnoatomowe i gruboziarniste - energia potencjalna w polach siłowych B) metody próbkowania przestrzeni konformacyjnej - Monte Carlo - dynamika molekularna - metody rozszerzonego próbkowania C) modelowanie środowiska biologicznego - uproszczone modele środowiska wodnego - efekty crowdingu w układach biologicznych D) wybrane aspekty analizy symulacji molekularnych - analiza struktury, dynamiki i termodynamiki układów - symulacje komputerowe na tle danych eksperymentalnych E) zagadnienia bioinformatyki - porównywanie sekwencji białek - przewidywanie struktur białek F) komputerowo wspomagane projektowanie leków - molekularne bazy danych - przewidywanie oddziaływań ligand-receptor - modele QSAR Ćwiczenia z wykorzystaniem komputerów poświęcone będą praktycznym zastosowaniom wybranych metod prezentowanych w trakcie wykładów. Nakład pracy studenta: - wykład - 30 godzin - ćwiczenia - 30 godzin - przygotowanie do zajęć i rozwiązywanie zadań domowych - 30 godzin - przygotowanie do egzaminu - 30 godzin razem 120 godzin
Bibliography:	(in Polish) 1. Andrew Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications 2. Daan Frenkel, Berend Smit, Understanding molecular simulation 3. Arthur Lesk, Introduction to Bioinformatics 4. Mike Williamson, How proteins work 5. Aktualne odnośniki literaturowe podawane na wykładach.
Learning outcomes:	(in Polish) (WIEDZA) w wyniku uczestnictwa w zajęciach student: - ma podstawową wiedzę z zakresu modelowania molekularnego: mechaniki i dynamiki molekularnej, metod Monte Carlo (K_W02) - zna podstawowe pojęcia z zakresu bioinformatyki i komputerowo-wspomaganego modelowania leków (K_W03, K_W07) (UMIEJĘTNOŚCI) w wyniku uczestnictwa w zajęciach student: - potrafi dobrać metodę obliczeniową do postawionego przed nim problemu naukowego (K_U02) - potrafi (w podstawowym zakresie) korzystać z wybranych narzędzi modelowania molekularnego oraz wybranych narzędzi bioinformatycznych (K_U03) - potrafi korzystać z wybranych molekularnych baz danych (K_U04) (KOMPETENCJE SPOŁECZNE) w wyniku uczestnictwa w zajęciach student: - rozumie istotę komplementarności technik eksperymentalnych i obliczeniowych współczesnej biofizyki (K_K03)
Assessment methods and assessment criteria:	(in Polish) Dopuszczalna liczba nieobecności do zaliczenia przedmiotu: 2 na wykładzie i 2 na ćwiczeniach. Egzamin końcowy pisemny.

This course is not currently offered.

Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by University of Warsaw.