University of Warsaw - Central Authentication System
Strona główna

Bioinformatics and data management in medical chemistry

General data

Course ID: 1200-1CHMELBIOL4
Erasmus code / ISCED: 13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemistry The ISCED (International Standard Classification of Education) code has been designed by UNESCO.
Course title: Bioinformatics and data management in medical chemistry
Name in Polish: Elementy bioinformatyki i zarządzania danymi w chemii medycznej
Organizational unit: Faculty of Chemistry
Course groups: (in Polish) Przedmioty minimum programowego dla studentów 4-go semestru (S1-CHM)
ECTS credit allocation (and other scores): 2.00 Basic information on ECTS credits allocation principles:
  • the annual hourly workload of the student’s work required to achieve the expected learning outcomes for a given stage is 1500-1800h, corresponding to 60 ECTS;
  • the student’s weekly hourly workload is 45 h;
  • 1 ECTS point corresponds to 25-30 hours of student work needed to achieve the assumed learning outcomes;
  • weekly student workload necessary to achieve the assumed learning outcomes allows to obtain 1.5 ECTS;
  • work required to pass the course, which has been assigned 3 ECTS, constitutes 10% of the semester student load.
Language: Polish
Type of course:

obligatory courses
Prerequisites (description):

(in Polish) Zakłada się umiejętność podstawowej obsługi komputera osobistego: poruszanie się w środowisku Windows i w internecie, korzystanie z pakietu MS Office.
Mode:

Blended learning
Short description: (in Polish)

Wykorzystanie umiejętności informatycznych w stopniu wystarczającym do tworzenia tekstów naukowych oraz opracowania wyników eksperymentalnych za pomocą specjalistycznych programów dla chemików i biochemików. Poruszanie się w środowisku baz danych w stopniu umożliwiającym swobodne i krytyczne analizowanie danych literaturowych (struktury białek, szlaki metaboliczne, dokowanie ligandów, chemia leków).
Full description: (in Polish)

Prezentowanie wyników eksperymentalnych w profesjonalny sposób. Struktura, założenia i potrzebne oprogramowanie. Metody autoprezentacji – forma, zasady poprawnego referowania zagadnień naukowych, dostępne narzędzia.

Stosowanie pakietów umożliwiających analizę i wizualizację danych pomiarowych z zakresu chemii, biochemii i biologii oraz przewidywanie wyników eksperymentów (np. Dr_Fit, PeptideCutter, NMR predictor).

Oprogramowanie służące do tworzenia i edycji struktur związków chemicznych, szlaków chemicznych oraz metabolicznych. Wykorzystanie dostępnych narzędzi do tworzenia ilustracji z zakresu chemii i biochemii (szlaki sygnałowe, helisy, β-kartki, enzymy, receptory, etc.). Inkorporacja uzyskanych struktur w tekst naukowy (MarvinSketch, ChemSketch, BioRender) .

Bazy danych związków biologicznie czynnych. Wyszukiwanie struktur 3D białek, kwasów nukleinowych oraz ligandów pozwalające na zrozumienie aspektów biomedycznych, od syntezy protein po szlaki metaboliczne (m. in. Protein Data Bank, MEROPS). Budowanie i wizualizacja modeli molekuł ze szczególnym uwzględnieniem układów o znaczeniu biochemicznym (DNA i RNA o konkretnej sekwencji). Oddziaływania wewnątrz- i międzycząsteczkowe, w tym symulacja wiązań wodorowych (Avogadro, VMD).
Bibliography: (in Polish)

Materiały przygotowane i udostępniane przez prowadzących zajęcia.
Learning outcomes: (in Polish)

Umiejętność redagowania tekstu naukowego zawierającego wykresy i tabele, a także wzory strukturalne związków chemicznych oraz zaprezentowania danych eksperymentalnych w profesjonalny sposób. Zdolność krytycznego przeglądu literatury fachowej, wyszukania artykułów z zakresu chemii, biochemii i biologii. Umiejętności pozwalające na odszukanie w bazach danych odpowiednich struktur związków stosowanych w chemii medycznej oraz maksymalne wykorzystanie dostępnych dla nich informacji.
Assessment methods and assessment criteria: (in Polish)

W trakcie zajęć będą przeprowadzone krótkie sprawdziany nabytych umiejętności. Oceniana będzie również aktywność. Zaliczenie na ocenę.
Practical placement: (in Polish)

Nie dotyczy.

Classes in period "Summer semester 2023/24" (in progress)

Time span: 2024-02-19 - 2024-06-16
Selected timetable range:
Navigate to timetable
Type of class:
Lab, 30 hours more information
Coordinators: Michał Dobrowolski
Group instructors: Arkadiusz Ciesielski, Michał Dobrowolski
Students list: (inaccessible to you)
Examination: Grading
Course descriptions are protected by copyright.
Copyright by University of Warsaw.
Krakowskie Przedmieście 26/28
00-927 Warszawa tel: +48 22 55 20 000 https://uw.edu.pl/ contact accessibility statement USOSweb 7.0.3.0 (2024-03-22)