Bioinformatics
General data
Course ID: | 1200-2RBIOIN1M |
Erasmus code / ISCED: |
13.3
|
Course title: | Bioinformatics |
Name in Polish: | Bioinformatyka |
Organizational unit: | Faculty of Chemistry |
Course groups: |
(in Polish) Przedmioty do wyboru w semestrze zimowym 1M Radiogenomika (S2-PRK-RAD) |
ECTS credit allocation (and other scores): |
1.50
|
Language: | Polish |
Type of course: | elective courses |
Short description: |
(in Polish) Zdobycie umiejętności posługiwania się podstawowymi technikami bioinformatycznymi i serwisami internetowymi oraz analizowanie krytyczna ocena wyników wyników |
Full description: |
(in Polish) Celem wykładu jest przekrojowe zapoznanie słuchaczy z metodami bioinformatyki operującymi na sekwencjach i strukturach biomolekuł. Najważniejsze będą podstawowe zasady bioinformatyki a także najczęściej wykorzystywane bazy danych i oprogramowanie. 1) Wprowadzenie. Czym jest bioinformatyka? Jej rola w biologii, medycynie, farmakologii, biotechnologii i projektowaniu leków. Pojęcia: homolog, analog, paralog i ortolog. Znaczenie homologii w bioinformatyce 2) Bioinformatyczne bazy danych Bazy GenBank, SwissProt, PDB, PFAM i inne; sekwencje, struktury, anotacje. Kwestie kompletności, nadmiarowości i poprawności zgromadzonych danych. Podstawowe formaty danych (PDB, FASTA). Wizualizacja struktur (program PyMol) 3) Optymalne uliniowienie pary sekwencji Złożoność obliczeniowa uliniowienia. Porównanie uliniowienia lokalnego i globalnego. Problem oceny wiarygodności uliniowienia i stosowane parametry (score, podobieństwo sekwencji, z-score e-value). Ocena przerw w uliniowieniu, macierze podstawień (podobieństwa). 4) Heurystyczne metody uliniowienia sekwencji i przeszukiwania baz danych: FASTA oraz BLAST 5) Uliniowienie wielu sekwencji (MSA - multiple sequence alignments) Złożoność obliczeniowa problemu i wybrane przykładowe algorytmy. Programy CLUSTAL, mafft, muscle. Drzewa filogenetyczne Bazy danych PROSITE, PFam. Profile sekwencyjne 6) Analiza i porównywanie struktur przestrzennych białek. Optymalne nałożenie struktur. Pojęcie średniej kwadratowej różnicy współrzędnych struktur. Przewidywanie struktury II-rzędowej białek. Klasyfikacja DSSP struktury II-rzędowej. Inne definicje struktury II-rzędowej. Programy PHD i PsiPRED. 7) Przewidywanie struktury i funkcji białek Rożne koncepcje przewlekania. Serwery i metaserwery. Modelowanie porównawcze, przewlekanie (uliniowienie sekwencyjno - strukturalne) oraz metody de novo. Programy Rosetta, SWISS-MODEL i MODELLER. Dokowanie ligandów. Wykorzystanie modelowania w projektowaniu leków |
Learning outcomes: |
(in Polish) Student poprawnie wyciąga wnioski w typowych problemach bioinformatycznych, posługując się zależnościami ewolucyjnymi (homologią) Student umie skorzystać z narzędzi dostępnych w internecie oraz rozumie uzyskane wyniki. W szczególności umie: - znaleźć żądaną strukturę w bazie danych PDB, wyszukać informacje na jej temat - obliczyć uliniowienie pary sekwencji białek - znaleźć sekwencje homologiczne do posiadanej sekwencji, zawęzić wyszukiwanie wg różnych kryteriów - zakwalifikować sekwencję aminokwasową do znanej rodziny białek - sprawdzić, czy znane są struktury dla białek homologicznych - stworzyć model struktury białka korzystając z metody modelowania porównawczego |
Assessment methods and assessment criteria: |
(in Polish) Test zaliczeniowy składający się z około 10 pytań zamkniętych i 5 otwartych (przeprowadzony w sali) lub egzamin ustny (możliwy w trybie zdalnym). |
Classes in period "Winter semester 2023/24" (past)
Time span: | 2023-10-01 - 2024-01-28 |
Navigate to timetable
MO TU WYK
W TH FR |
Type of class: |
Lecture, 15 hours
|
|
Coordinators: | Dominik Gront | |
Group instructors: | Dominik Gront | |
Students list: | (inaccessible to you) | |
Examination: | Examination |
Copyright by University of Warsaw.