Uniwersytet Warszawski - Centralny System Uwierzytelniania
Strona główna

Modelowanie molekularne dla projektowania leków B - laboratorium

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1200-1CHMMOBL6
Kod Erasmus / ISCED: 13.3 Kod klasyfikacyjny przedmiotu składa się z trzech do pięciu cyfr, przy czym trzy pierwsze oznaczają klasyfikację dziedziny wg. Listy kodów dziedzin obowiązującej w programie Socrates/Erasmus, czwarta (dotąd na ogół 0) – ewentualne uszczegółowienie informacji o dyscyplinie, piąta – stopień zaawansowania przedmiotu ustalony na podstawie roku studiów, dla którego przedmiot jest przeznaczony. / (0531) Chemia Kod ISCED - Międzynarodowa Standardowa Klasyfikacja Kształcenia (International Standard Classification of Education) została opracowana przez UNESCO.
Nazwa przedmiotu: Modelowanie molekularne dla projektowania leków B - laboratorium
Jednostka: Wydział Chemii
Grupy: Przedmioty minimum programowego - zamienniki dla studentów 6-go semestru (S1-CHM)
Punkty ECTS i inne: 3.00 Podstawowe informacje o zasadach przyporządkowania punktów ECTS:
  • roczny wymiar godzinowy nakładu pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się dla danego etapu studiów wynosi 1500-1800 h, co odpowiada 60 ECTS;
  • tygodniowy wymiar godzinowy nakładu pracy studenta wynosi 45 h;
  • 1 punkt ECTS odpowiada 25-30 godzinom pracy studenta potrzebnej do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się;
  • tygodniowy nakład pracy studenta konieczny do osiągnięcia zakładanych efektów uczenia się pozwala uzyskać 1,5 ECTS;
  • nakład pracy potrzebny do zaliczenia przedmiotu, któremu przypisano 3 ECTS, stanowi 10% semestralnego obciążenia studenta.
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

fakultatywne
Wymagania (lista przedmiotów):

Modelowanie molekularne dla projektowania leków 1200-1CHMMOW6
Założenia (lista przedmiotów):

Oddziaływanie leków z celami molekularnymi 1200-2BLOK7-BIOW6
Receptory GPCR - struktury, działanie, leki 1200-RGPRC-OG
Założenia (opisowo):

Zapoznanie się z rodzajami celów molekularnych i rodzajami leków, oraz poznanie w jaki sposób leki mogą z nimi oddziaływać aby je blokować lub aktywować.

Tryb prowadzenia:

w sali
zdalnie
Skrócony opis:

Praktyczne zapoznanie z programami służącymi do modelowania molekularnego i wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych. Praktyczne korzystanie z serwisów internetowych oraz baz danych mających związek z lekami i ich celami molekularnymi. Elementy programowania w języku Python.
Pełny opis:

W ramach pracowni studenci będą mogli zapoznać się z programami do modelowania molekularnego i wizualizacji molekuł chemicznych i biologicznych (m.in. Yasara, VMD, PyMol). W części programów będzie możliwość budowania i modyfikacji związków chemicznych i białek. Ćwiczenia pozwolą także na nabycie umiejętności korzystania z internetowych baz danych związków chemicznych i ich celów molekularnych (m.in. PubMed i PDB). Nabycie umiejętności programowania w języku Python pozwoli wykonać m.in. ćwiczenie na zastosowanie metod sztucznej inteligencji (deep learning) do celów klasyfikacji dużych zbiorów danych.

Studenci z grupy B wykonają dodatkowo (w porównaniu do grupy A) trzy ćwiczenia obejmujące m.in. programowanie w języku Python i komendy Linux/shell.
Literatura:

---
Efekty uczenia się:

Po praktycznym wykonaniu wszystkich zaplanowanych ćwiczeń student powinien umieć posługiwać się wybranymi programami do modelowania molekularnego i wizualizacji struktur jak i dynamiki molekularnej, oraz umieć wyszukiwać potrzebne informacje z internetowych baz danych struktur związków chemicznych i biologicznych celów molekularnych. Powinien także umieć posługiwać się językiem programowania Python na poziomie podstawowym wyższym.
Metody i kryteria oceniania:

Wymagania związane z uczestnictwem w zajęciach: brak.

Dopuszczalna liczba nieobecności usprawiedliwionych: wymagane jest zaliczenie wszystkich ćwiczeń, także w terminach dodatkowych.

Ocena jest wystawiana za wykonanie ćwiczenia i sporządzenie raportu. Niezaliczenie raportu skutkuje powtórnym wykonaniem ćwiczenia.

Praktyki zawodowe:

Nie dotyczy

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2023/24" (w trakcie)

Okres: 2024-02-19 - 2024-06-16
Wybrany podział planu:
Przejdź do planu
Typ zajęć:
Laboratorium, 45 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Sławomir Filipek
Prowadzący grup: Sławomir Filipek, Przemysław Miszta, Paweł Pasznik
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Zaliczenie na ocenę
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.
Krakowskie Przedmieście 26/28
00-927 Warszawa tel: +48 22 55 20 000 https://uw.edu.pl/ kontakt deklaracja dostępności USOSweb 7.0.3.0 (2024-03-22)