Genetyka bakterii i archeonów -W
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1400-216GENBA-W |
Kod Erasmus / ISCED: |
13.404
|
Nazwa przedmiotu: | Genetyka bakterii i archeonów -W |
Jednostka: | Wydział Biologii |
Grupy: |
Przedmioty DOWOLNEGO WYBORU Przedmioty obieralne na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | polski |
Kierunek podstawowy MISMaP: | biologia |
Rodzaj przedmiotu: | fakultatywne |
Założenia (opisowo): | Znajomość podstawowych zagadnień związanych z mikrobiologią i genetyką. |
Tryb prowadzenia: | w sali |
Skrócony opis: |
Na zajęciach poruszane są zagadnienia dotyczące struktury genomów bakterii i archeonów. Podkreślane są cechy wspólne i unikatowe tych organizmów. Omawiane są procesy replikacji i segregacji DNA, transkrypcji, translacji oraz naprawy DNA uszkodzonego w wyniku różnego typu mutacji. Poruszane są również zagadnienia związane z regulacją ekspresji genów prokariotycznych. Zajęcia obejmują zarówno wątki metodologiczne (genomika, metagenomika, transkryptomika, metatranskryptomika, proteomika, metabolomika, modelowanie metaboliczne), jak i aplikacyjne (identyfikacja i typowanie molekularne mikroorganizmów prokariotycznych oraz wykorzystanie genetyki bakterii w przemyśle, medycynie i ochronie środowiska). |
Pełny opis: |
Podczas wykładu poruszane są następujące zagadnienie: - Organizacja genetyczna genomów prokariotycznych (DNA, geny i operony, struktura chromosomów bakterii i archeonów). - Replikacja i segregacja chromosomów prokariotycznych. - Transkrypcja u bakterii i archeonów (rodzaje i funkcje RNA, mechanizmy transkrypcji) - Translacja u bakterii i archeonów (kod genetyczny, rybosomy – struktura i funkcja, mechanizm translacji). - Regulacja ekspresji genów u bakterii i archeonów (poziomy regulacji ekspresji genów, globalne systemy regulacji ekspresji genów – regulony i sigmulony, układy dwuskładnikowe, ryboregulacja). - Mutacje i naprawa DNA (typy mutacji i czynniki mutagenne, mechanizmy naprawy uszkodzeń DNA, regulon SOS). - Zmienność genomów prokariotycznych (ruchome elementy genetyczne bakterii i archeonów, horyzontalny transfer genów). - Genomika i metagenomika (metodologia sekwencjonowania DNA z wykorzystaniem różnych technik, składanie i adnotacja genomów prokariotycznych, analiza danych metagenomicznych). - Transkryptomika i metatranskryptomika (metodologia badań, zastosowanie w badaniach medycznych i środowiskowych). - Proteomika, metabolomika i modelowanie metaboliczne. - Identyfikacja molekularna i typowanie molekularne mikroorganizmów prokariotycznych. - Genetyka bakterii w przemyśle, medycynie i ochronie środowiska. Ochrona własności intelektualnej w mikrobiologii. |
Literatura: |
1. Baj J. (red.) "Mikrobiologia", PWN, 2018. 2. Baj J., Markiewicz Z. (red. ) „Biologia molekularna bakterii”, PWN, 2015. 3. Węgleński P. (red.) „Genetyka molekularna”, PWN, 2006. 4. Brown T.A. (red.) „Genomy” PWN , 2009 . |
Efekty uczenia się: |
Po opanowaniu materiału omawianego podczas wykładu i ćwiczeń student: Zna różnorodność mikrobiologiczną i rozumie zjawiska i procesy przyrodnicze, które ją kształtują. Umie identyfikować mikroorganizmy prokariotyczne wykorzystując do tego techniki molekularne. Rozumie wzajemne pokrewieństwa mikroorganizmów. Zna metodologię pozwalającą na ustalenie relacji pokrewieństwa między genami i organizmami. Zna techniki laboratoryjne oraz pomiarowe i obrazowe, stosowane w badaniach mikrobiologicznych, genetycznych i biologii molekularnej, ze szczególnym zwróceniem uwagi na genetykę bakterii i archeonów. Rozumie reguły, a także mechanizmy molekularne, komórkowe i fizjologiczne rozwoju oraz funkcjonowania mikroorganizmów. Zna specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, konieczne dla rozwiązywania problemów z zakresu genetyki mikroorganizmów. Potrafi zbierać i opracowywać dane wykorzystując różne narzędzia badawcze i bioinformatyczne, potrafi wykonać złożone operacje analityczne z użyciem ogólnie dostępnych narzędzi informatycznych. Zna zasady planowania badań i wykonywania eksperymentów z zastosowaniem specjalistycznych metod stosowanych w genetyce mikroorganizmów prokariotycznych. Ma wiedzę dotyczącą opracowywania wyników w formie nadającej się do dyskusji, oceny lub publikacji. Zna podstawy technik informatycznych i wykorzystuje narzędzia informatyczne do pozyskiwania informacji, przetwarzania tekstów i prezentacji. Umie analizować otrzymane wyniki i dyskutować je w oparciu o dostępną literaturę z zakresu genetyki mikroorganizmów. Potrafi posługiwać się komputerem i źródłami elektronicznymi w celu przeprowadzenia analizy statystycznej oraz znajdowania i wykorzystywania Wolnego Oprogramowania. Stosuje adekwatne metody statystyczne oraz algorytmy i techniki informatyczne do opisu zjawisk i analizy danych biologicznych. Planuje i przeprowadza samodzielnie zadania badawcze lub ekspertyzy z zakresu genetyki mikroorganizmów. Wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych. Wykazuje umiejętność wyciągania wniosków oraz formułowania sądów na podstawie danych z różnych źródeł. Wykazuje odpowiedzialność za pracę laboratoryjną własną i innych, świadomie ocenia zagrożenia płynące z takiej pracy. Wykazuje ostrożność i krytycyzm podczas zdobywania i interpretowania wiedzy z zakresu genetyki mikroorganizmów i jej zastosowania praktycznego. Docenia wagę nowoczesnych narzędzi analitycznych przy opisie wyników prac eksperymentalnych. Wykazuje przedsiębiorczość, zdolność kierowania zespołem oraz świadomość pełnionej roli zawodowej. |
Metody i kryteria oceniania: |
Egzamin pisemny składa się z pytań otwartych, punktowanych od 0 do 2 punktów, każde. Zaliczenie egzaminu wymaga uzyskania minimum 51% maksymalnej liczby punktów, które można uzyskać. |
Praktyki zawodowe: |
Nie ma. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.