Metody biologii strukturalnej
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1000-717MBS |
Kod Erasmus / ISCED: |
11.945
|
Nazwa przedmiotu: | Metody biologii strukturalnej |
Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki |
Grupy: |
Przedmioty kierunkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | polski |
Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
Skrócony opis: | |
Pełny opis: |
Podstawowe pojęcia krystalograficzne takie jak symetria, grupy punktowe i przestrzenne, podstawy teorii dyfrakcji (prawo Bragga, czynnik struktury), metody krystalizacji, klasyczne metody rentgenograficzne, tok analizy strukturalnej w tym: badania wstępne, wykonanie pomiarów, czynniki wpływające na intensywność wiązki ugiętej, problem fazowy, rozwiązanie struktury, udokładnienie struktury, walidacja modelu struktury, interpretacja danych strukturalnych. Przypomnienia fizycznych podstaw spektroskopii optycznej, m.in. absorpcji fali EM przez materię, oraz matematycznego opisu pasma spektralnego. Zakres zastosowań spektroskopii w podczerwieni, widm Ramana oraz dichroizmu kołowego w badaniach struktur białek i kwasów nukleinowych oraz problem nakładania się wielu sygnałów spektralnych pochodzących od różnych komponentów chemicznych i konformacyjnych biopolimerów.Metody analizy widm, m.in. dekonwolucja, określanie udziału struktur drugorzędowych białek przez „fitowanie” ich widm wibracyjnych, analiza głównych składowych, metoda 2DCOS FT-IR. Zastosowania wysokorozdzielczej spektroskopii NMR w biologii. Wykorzystanie widm 2D do wyznaczenia struktury peptydów. Wykorzystanie widm 3D NMR w przypisywaniu sygnałów łańcucha głównego w białku. Przypisywanie łańcuchów bocznych. Więzy strukturalne dostępne z widm NMR. Wykorzystanie przesunięć chemicznych do przewidzenia struktury białka. Obliczenia strukturalne w przestrzeni kątów torsyjnych. |
Literatura: | |
Efekty uczenia się: |
- zna zasady bezpieczeństwa i higieny pracy w stopniu pozwalającym na samodzielną pracę na stanowisku badawczym (K_W10) - potrafi przetwarzać dane eksperymentalne w celu wyznaczania istotnych strukturalnych i fizykochemicznych cech badanych układów (K_U06) |
Metody i kryteria oceniania: |
Egzamin ustny obejmujący tematy poruszane na wykładzie i ćwiczeniach. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.