Metody wirtualnej rzeczywistości w bioinformatyce
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1000-718MWR |
Kod Erasmus / ISCED: | (brak danych) / (brak danych) |
Nazwa przedmiotu: | Metody wirtualnej rzeczywistości w bioinformatyce |
Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki |
Grupy: | |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | polski |
Kierunek podstawowy MISMaP: | biologia |
Rodzaj przedmiotu: | obowiązkowe |
Pełny opis: |
Treści kształcenia: 1. Zasady wizualizacji 3D. Przegląd technologii VR. Metody wirtualnej rzeczywistości w badaniach struktury i dynamiki złożonych układów. 2. Podstawowe elementy specjalizowanej platformy VisNow (https://visnow.icm.edu.pl) służącej do analizy i manipulowania trójwymiarowymi obiektami, ze szczególnym uwzględnieniem układów (bio)molekularnych, (bio)medycznych oraz molekularnych pól. Praktyczne ćwiczenia z wykorzystaniem tego środowiska. 3. Siły molekularne na poziomie mikroskopowym (o atomowej zdolności rozdzielczej) i mezoskopowym (z wykorzystaniem efektywnych potencjałów dla całych grup molekularnych). Podstawy środowiska modelowania, wizualizacji i manipulowania strukturami (bio)molekularnymi, NAMD/VMD (https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/, https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Podstawy modelu sterowanej (interaktywnej) dynamiki molekularnej (”Steered Molecular Dynamics”) z uwzględnieniem sił generowanych przez badacza. Sterowana dynamika molekularna w zastosowaniach praktycznych. 4. Praktyczne zastosowania specjalizowanego systemu wirtualnej rzeczywistości bazującego na manipulatorach 3D-systems (https://www.3dsystems.com/haptics-devices/touch/) . 5. Podstawy technologii druku 3D. Praktycznie zastosowania w drukowaniu złożonych układów (bio)molekularnych. Inne zastosowania metod VR. |
Literatura: |
Praca zbiorowa, ed. B. Lesyng, "Metody wirtualnej rzeczywistości w modelowaniu układów biomolekularych i nanoukładów". Kurs dydaktyczny Uniwersytetu Warszawskiego dla studiów II stopnia nauk przyrodniczych (wykłady i ćwiczenia). NAMD user's guide http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.9/ug/ VMD User's guide https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/ |
Efekty uczenia się: |
Umiejętności i kompetencje: Zapoznanie studentów z podstawami teorii wizualizacji 3D oraz technologii systemów wirtualnej rzeczywistości. Nabycie praktycznych umiejętności zastosowań technik VR w badaniach struktury i funkcji układów (bio)molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemów. Wiedza: Zna podstawowe teorie oraz technologie wizualizacji 3D i systemów wirtualnej rzeczywistości (K_W05). Umiejętności: Potrafi stosować wizualizacji 3D i technik wirtualnej rzeczywistości w badaniach struktury i funkcji układów (bio)molekularnych oraz w innych zastosowaniach, istotnych z punktu widzenia rozwoju nowoczesnych metod bioinformatyki i biologii systemów (K_U08). |
Metody i kryteria oceniania: |
Egzamin w formie pisemnego testu. |
Praktyki zawodowe: |
Praktyki można odbyć w Pracowni Bioinformatyki Instytutu Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.