Uniwersytet Warszawski - Centralny System UwierzytelnianiaNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Genomika porównawcza

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1000-719GP2 Kod Erasmus / ISCED: (brak danych) / (brak danych)
Nazwa przedmiotu: Genomika porównawcza
Jednostka: Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Grupy: Przedmioty obowiązkowe na studiach drugiego stopnia na kierunku bioinformatyka
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

obowiązkowe

Skrócony opis:

Celem wykładu jest zapoznanie studenta wybranymi z modelami, algorytmami i narzędziami stosowanymi w genomice porównawczej ze szczególnym uwzględnieniem drzew i ich zastosowaniem w różnych kontekstach. Planowane ćwiczenia będą częściowo formie laboratorium komputerowego.

Pełny opis:

1. Wprowadzenie. Podstawowe pojęcia, geny, gatunki, genomy, ewolucja, uliniowienia, porównywanie sekwencji (2 wykłady).

2. Modele ewolucji sekwencji (1 wykład)

3. Maksymalizacja wiarygodności, maksymalizacja parsymonii, metoda łączenia sąsiadów (2 wykłady)

4. Metody bayesowskie (1-2 wykłady)

5. Drzewa konsensusowe i superdrzewa (2 wykłady)

6. Metody klastrowania hierarchicznego (1 wykład)

7. Drzewa uzgadniające, sieci filogenetyczne, horyzontalny transfer (2-3 wykłady).

8. Drzewa i tablice sufiksowe (1-2 wykłady).

Literatura:

1. Inferring Phylogenies Joseph Felsenstein

2. Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna,

3. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchson, Biological Sequence Analysis, .

Efekty uczenia się:

ma wiedzę o zaawansowanymi metodach stosowanych w genomice porównawczej (K_W04)

potrafi wykonywać obliczenia związane z porównywaniem genomów i interpretować ich wyniki (K_U07)

Metody i kryteria oceniania:

Egzamin 60% + projekt zaliczeniowy 40%.

Projekt jest wymagany do zaliczenia.

Zajęcia w cyklu "Semestr letni 2019/20" (zakończony)

Okres: 2020-02-17 - 2020-08-02
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Górecki
Prowadzący grup: Paweł Górecki
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2020/21" (w trakcie)

Okres: 2020-10-01 - 2021-01-31
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Laboratorium, 30 godzin więcej informacji
Wykład, 30 godzin więcej informacji
Koordynatorzy: Paweł Górecki
Prowadzący grup: Paweł Górecki, Agnieszka Mykowiecka
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.