Wolne oprogramowanie w nauce
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1400-236WO-OG |
Kod Erasmus / ISCED: |
11.9
|
Nazwa przedmiotu: | Wolne oprogramowanie w nauce |
Jednostka: | Wydział Biologii |
Grupy: |
Przedmioty ogólnouniwersyteckie na Uniwersytecie Warszawskim Przedmioty ogólnouniwersyteckie ścisłe Przedmioty ogólnouniwersyteckie Wydziału Biologii |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | polski |
Rodzaj przedmiotu: | ogólnouniwersyteckie |
Założenia (opisowo): | Przedmiot to wprowadzenie do systemu Linux, wiersza poleceń i systemu LaTeX (czyt. latech). Kurs przeznaczony jest dla osób, które nie miały (lub miały małą) styczność z tymi programami. |
Tryb prowadzenia: | w sali |
Skrócony opis: |
Wolne Oprogramowanie (WO) to oprogramowanie możliwe do modyfikacji przez użytkownika i darmowe. Z tego względu jest aktywnie rozwijane (m.in. w środowisku akademickim) w odpowiedzi na bieżące potrzeby i nowe technologie. Celem zajęć jest praktyczne zapoznanie uczestników z narzędziami Wolnego Oprogramowania stosowanymi w nauce. Umożliwi to uczestnikom efektywne czasowo opracowywanie własnych danych. Umiejętności zdobyte podczas kursu są cenne niezależnie od późniejszej ścieżki kariery studentów – nie ograniczają się do pracy naukowej. |
Pełny opis: |
Tematyka zajęć LaTeX 1. Wstęp, plusy i minusy, opcje instalacji. Struktura kodu źródłowego, jego kompilacja i generowanie plików pdf. Klasy dokumentów. Pierwszy dokument. 2. Wstawianie grafiki, transformacja obrazków na poziomie dokumentu. Automatyczne pozycjonowanie obrazków w dokumencie. Obrazki opływane przez tekst. Odwołania do obrazków. 3. Formuły matematyczne. Układ dokumentu, dokumenty jedno- i dwustronne. 4. Odstępy w dokumencie. Tabele: proste, wielostronicowe, pionowe. Układ logiczny tabeli. 5. Lokalizacja LaTeX'a – pisanie w innym języku niż angielski na przykładzie języka polskiego. Polskie reguły typograficzne. Kodowanie tekstu a znaki diakrytyczne. Użycie wielu języków w jednym dokumencie. Jednostki w tekście. 6. Biblografia. System wbudowany w LaTeX'a vs pakiety. Baza bibliografii. Lokalizacja językowa pozycji w spisie literatury. Style cytowania stosowane w czasopismach naukowych. 7. Kolory i grafika, pakiet graficzny PGF/TikZ, tworzenie rysunków i wykresów. Tworzenie prezentacji w LaTeX'u. 8. Niestandardowe czcionki w dokumencie. Prezentacje z pakietem beamer. Dobre praktyki przygotowywania prezentacji. Linux 9. Wolne Oprogramowanie, definicja, historia i filozofia, rola współpracy użytkowników. Fundacja Wolnego Oprogramowania (FSF) i ochrona wolności użytkowników komputerów. Free Software vs Open-source software, licencje. Wiersz poleceń systemu Linux - Dlaczego?. Nawigacja w systemie plików. Usprawnianie pracy w trybie tekstowym. 10. Linux, wprowadzenie, różnorodność, uruchamianie z płyty CD/DVD i pendrive, opcje instalacji. Wybór programów, zarządzanie oprogramowaniem. Linux vs Windows. Wiersz poleceń – zarządzanie plikami, kopie zapasowe danych. Wejście i wyjście danych w wierszu poleceń. Łączenie poleceń w sekwencje – potoki. 11. Baza danych w formie pliku tekstowego. Sortowanie i łączenie plików. 12. Wyszukiwanie tekstu w pliku – grep. Wyrażenia regularne. 13. Zamiana łańcuchów znaków w plikach - sed. Wyrażenia regularne. 14. Arkusz kalkulacyjny – awk. Operacje matematyczne, wybór wierszy wg warunków logicznych. Podsumowanie – przykład użycia wiersza poleceń w bioinfomatyce. |
Literatura: |
1. William E. Shotts, Jr, „The Linux Command Line”, linuxcommand.org/tlcl.php/tlcl.php 2. Jan Goyvaerts, „Regular expressions”, www.regular-expressions.info/ 3. Bruce Barnett, „The Grymoire – home for UNIX wizards”, www.grymoire.com/Unix/ 4. Wikibooks contributors, „LaTeX” Wikibooks, The Free Textbook Project, en.wikibooks.org/w/index.php?title=LaTeX&oldid=3425326. 5. Tobias Oetiker and Contributors, „lshort – A short introduction to LaTeX2e”, ctan.org/tex-archive/info/lshort |
Efekty uczenia się: |
WIEDZA Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student: Ma pogłębioną wiedzę z zakresu praw autorskich. Zna specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, konieczne dla rozwiązywania problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych. Zna zalety korzystania z systemu Linux i Wolnego Oprogramowania Wie, jak korzystać z Wolnego Oprogramowania Zna narzędzia Wolnego Oprogramowania wykorzystywane w nauce UMIEJĘTNOŚCI Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student: Tworzy pod kierunkiem opiekuna oraz samodzielnie właściwie udokumentowane opracowania. Wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych. Wykazuje umiejętność wyciągania wniosków oraz formułowania sądów na podstawie danych z różnych źródeł Potrafi wybrać i wykorzystać właściwe narzędzia informatyczne Wolnego Oprogramowania do pracy nad konkretnym problemem. Potrafi korzystać z dowolnego systemu z rodziny Linux na poziomie środowiska tekstowego. Potrafi efektywnie korzystać z wiersza poleceń środowiska Linux, pobierać i modyfikować duże pliki danych oraz wybierać z nich żądane informacje. Umie integrować informacje z plików tekstowych pochodzących z wielu źródeł. Potrafi wygenerować kod źródłowy w systemie LaTeX. Potrafi generować tabele i wstawiać ilustracje do kodu źródłowego. Potrafi dobrać pakiety odpowiednie do potrzeb. Potrafi stworzyć prezentację przy użyciu systemu LaTeX Potrafi utworzyć bibliografię przy użyciu systemu BibLaTeX. Jest w stanie złożyć kod źródłowy systemu LaTeX do opublikowania swoich wyników w czasopiśmie naukowym Potrafi poszerzać swoją wiedzę, wykorzystując internet i zawarte w nim przykłady do rozwiązania problemów dotyczących pracy z wolnym oprogramowaniem KOMPETENCJE SPOŁECZNE Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student: Rozumie potrzebę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych. Rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, inspirując rozwój tej potrzeby u innych. Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy. Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób efektywny Rozumie zasadę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych Rozumie wagę Wolnego Oprogramowania we współczesnym świecie |
Metody i kryteria oceniania: |
Zaliczenie przedmiotu na podstawie sumy punktów z – wykonania prac domowych, – samodzielnie napisanego artykułu w systemie LaTeX (postępy będą oceniane na bieżąco). |
Praktyki zawodowe: |
Nie. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.