Bioinformatyka i analiza danych biomedycznych
Informacje ogólne
Kod przedmiotu: | 1000-5D97MB |
Kod Erasmus / ISCED: |
11.954
|
Nazwa przedmiotu: | Bioinformatyka i analiza danych biomedycznych |
Jednostka: | Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki |
Grupy: |
Seminaria magisterskie na bioinformatyce Seminaria magisterskie na informatyce Seminaria magisterskie na matematyce |
Punkty ECTS i inne: |
(brak)
|
Język prowadzenia: | angielski |
Rodzaj przedmiotu: | seminaria magisterskie |
Skrócony opis: |
Tematyka seminarium obejmuje podstawowe działy biologii obliczeniowej, takie jak: analiza sekwencji molekularnych, genomika porównawcza, ewolucja i organizacja genomów, rekonstrukcja sieci interakcji białek/genów, matematyczne modelowanie szlaków sygnałowych, analiza danych z mikromacierzy DNA i spektrometrii masowej, filogenetyka i ewolucja molekularna. |
Pełny opis: |
Niebywale burzliwy rozwój molekularnej biologii spowodował rosnące zapotrzebowanie na zastosowanie narzędzi matematyki i informatyki w tej dziedzinie. Obliczeniowa biologia molekularna jest bardzo pojemnym działem, w którym stosowane są różnorodne metody matematyki i informatyki: algorytmika, kombinatoryka, metody probabilistyczne, statystyka. Jest to obecnie bardzo intensywnie rozwijający się dział stanowiący przedmiot zainteresowania zarówno firm prywatnych, jak i większosci wiodących uniwersytetów. Tematyka seminarium skupia się wokół algorytmicznych i matematycznych metod analizy danych molekularnych. Wiele referatów dotyczy aktualnych projektów badawczych, w których uczestniczy grupa biologii obliczeniowej (http://bioputer.mimuw.edu.pl). Ostatnio nasze zainteresowania dotyczą następujących zagadnień: - statystyczna analiza danych dostarczanych przez tzw biotechnologie o dużej przepustowości, takie jak mikromacierze DNA, mikromacierze CGH, spektrometria masowa. Analiza takich danych najczęsciej motywowana jest zastosowaniami medycznymi. - ewolucja molekularna i filogenetyka. Interesują nas matematyczne modele ewolucji genomu oraz zagadnienia związane z konstrukcją i porównywaniem drzew filogenetycznych. - rekonstrukcja i ewolucja sieci oddziaływań białkowych, rekonstrukcja sieci regulacji genów. - analiza sekwencji molekularnych. Pracujemy nad nowymi algorytmami pozwalającymi porównywaa sekwencje DNA i białek, oraz analizujemy nowo-zsekwencjonowane genomy. Dwa ciekawe projekty w tej tematyce dotyczą analizy genomów fagów, oraz analizy sekwencji transpozonowych. - matematyczne modelowanie szlaków sygnałowych. Staramy sie budować proste modele dla sygnalizacji międzykomórkowej, w oparciu o semantykę deterministyczną(równania różniczkowe) i stochastyczną (łańcuchy Markowa z czasem ciągłym). W przypadku obecności cudzoziemców zajęcia będą prowadzone po angielsku. |
Literatura: |
Współczesna literatura z tej dziedziny, w tym czasopisma naukowe i dane z Internetu. Szczegóły przedstawia prowadzący na pierwszych zajęciach. |
Efekty uczenia się: |
Wiedza 1. Ma ogólna wiedzę o problemach biologii obliczeniowej. 2. Ma podstawową wiedzę w zakresie podstawowych narzedzi matematycznych stosowanych w modelowaniu i analizie danych molekularnych. Umiejętności 1. Potrafi przygotować prezentacje i wygłosić referat opierając się na artykułach naukowych lub wynikach własnych badań. Kompetencje1. Zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego kształcenia (K_K01) 2. Potrafi zarządzać swoim czasem oraz podejmować zobowiązania i dotrzymywać terminów (K_K05) |
Metody i kryteria oceniania: |
wygłoszenie referatu, na 4 roku zatwierdzenie pracy magisterskiej na 5 roku złożenie pracy magisterskiej. |
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.