Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego | USOSownia - uniwersyteckie forum USOSoweNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Wolne oprogramowanie w nauce

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1400-236WO-OG Kod Erasmus / ISCED: 11.9 / (0619) Komputeryzacja (inne)
Nazwa przedmiotu: Wolne oprogramowanie w nauce
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: Przedmioty ogólnouniwersyteckie na Uniwersytecie Warszawskim
Przedmioty ogólnouniwersyteckie ścisłe i spoza UW
Przedmioty ogólnouniwersyteckie Wydziału Biologii
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

ogólnouniwersyteckie

Założenia (opisowo):

Przedmiot przeznaczony jest dla osób, które nie miały wcześniej styczności (lub miały ją w niewielkim stopniu) z systemami operacyjnymi z rodziny Linuks, systemem TeX/LaTeX lub programowaniem.

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Zajęcia mają na celu teoretyczne i praktyczne zapoznanie uczestników z narzędziami Wolnego Oprogramowania (darmowego oprogramowania), stosowanymi w naukach przyrodniczych, które będą oni mogli potem wykorzystać przy opracowywaniu oraz publikowaniu własnych wyników, w przyszłej karierze badawczej oraz na rynku pracy.

Pełny opis:

Wykłady:

I. Wolne Oprogramowanie - defincja, zalety i wady, sytuacja prawna, zastosowania.

II. Porównanie systemów operacyjnych Windows i Linuks.

III. Specyfika pracy w systemach z rodziny Linuks, środowisko tekstowe.

IV. System składu tekstu LaTeX - wprowadzenie.

V. Dlaczego pracę magisterską łatwiej napisać korzystając z LaTeXa? - możliwości LaTeXa a skład tekstu.

VI. LaTeX jako narzędzie do pisania publikacji naukowych.

VII. Pozostałe zastosowania LaTeXa (prezentacje, grafika).

VIII. Tworzenie wykresów przy użyciu skryptów - filozofia i narzędzia.

IX. Zastosowanie Wolnego Oprogramowania do modyfikacji dużuch plików tekstowych i texminingu.

Ćwiczenia (poniżej podano bloki tematyczne zajęć praktycznych):

I. Kurs obsługi sytemów z rodziny Linuks. Podobieństwa i różnice z innymi systemami operacyjnymi. Zapoznanie ze specyfiką pracy w środowisku tekstowym.

II. Praca z plikami. Sprawdzanie poprawności ściągniętych plików (sumy kontrolne). Podstawowe komendy edycji plików, (łączenie plików wg kolumn i wierszy, wybieranie wierszy wg wzorca - grep). Archiwizacja, kompresja i dekompresja plików. Wstęp do wyrażeń regularnych i ich zastosowanie.

III. Wstęp do LaTeXa: tworzenie dokumentów w systemie LaTeX. Klasy dokumentów, struktura dokumentu, praca z kilkoma językami jednocześnie. Pakiety - wybór i zastosowanie.

IV. Zarządzanie wyglądem strony oraz strukturą tekstu i dokumentu w systemie LaTeX. Wstawianie wyrażeń matematycznych i tabel. Personalizacja skryptów LaTeXa. Kompilacja większych dokumentów.

V. Grafika w LaTeXu. Wykorzystanie języków PGF/TikZ do zwiększenia możliwości graficznych LaTeXa. Tworzenie prezentacji i posterów przy użyciu LaTeXa.

VI. Tworzenie bibliografii (BibTeX) i publikowanie w czasopismach naukowych przy użyciu LaTeXa. Ściąganie rekordów do bazy bibliograficznej w BIbTeXu z Internetu.

VII. Tworzenie wykresów przy pomocy skryptów - program gnuplot oraz biblioteka matplotlib języka programowania Python.

VIII. Modyfikacja plików tekstowych przy użyciu Wolnego Oprogramowania: praca z dużymi plikami danych na przykładzie danych z eksperymentów wysokoprzepustowych. Modyfikacja tekstu przy użyciu edytora strumieniowego sed. Język programowania AWK i jego zastosowanie do textminingu. Tworzenie prostych skryptów umożliwiających efektywną modyfikację tekstu.

Literatura:

1. W miarę krótki i praktyczny kurs LaTeXa w pi do e minut. Kostecki RP. Wersja 1.52. 2008.

2. Nie za krótkie wprowadzenie do systemu LaTeX2e. Oetiker T. Wersja 4.20. 2007.

3. Wprowadzenie do programu AWK http://www.grymoire.com/Unix/Awk.html

4. Wyrażenia regularne http://www.regular-expressions.info/

5. Wprowadzenie do programu SED http://www.grymoire.com/Unix/Sed.html

6. Dougherty D., Robbins A. 1997 sed & awk, 2nd Edition. O'Reilly Media

Efekty kształcenia:

WIEDZA

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

- zna zalety korzystania z systemu Linux i Wolnego Oprogramowania

- wie, jak korzystać z Wolnego Oprogramowania

- zna narzędzia Wolnego Oprogramowania wykorzystywane w nauce

UMIEJĘTNOŚCI

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

- wybiera i wykorzystuje narzędzia informatyczne zaliczane do Wolnego Oprogramowania do problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych

- potrafi korzystać z dowolnego systemu z rodziny Linux na poziomie środowiska tekstowego

- potrafi wygenerować kod źródłowy w systemie LaTeX, korzystając z różnych klas. Potrafi generować tabele i wstawiać ilustracje do kodu źródłowego. Potrafi dobrać pakiety do odpowiedniego typu dokumentu, tworzy i swobodnie korzysta z samodzielnie zdefiniowanych komend i środowisk, umie skompilować większy dokument z kilku mniejszych kodów źródłowych

- potrafi stworzyć prezentację i poster przy użyciu systemu LaTeX

- potrafi wygenerować bibliografię przy użyciu systemu BibTeX. Jest w stanie złożyć kod źródłowy systemu LaTeX do opublikowania swoich wyników w dowolnym czasopiśmie naukowym

- potrafi efektywnie korzystać z linii komend środowiska Linux, pobierać i modyfikować duże pliki danych oraz wybierać z nich żądane informacje

- umie tworzyć wykresy w programie gnuplot i modyfikować wyszukane w sieci kody źródłowe wykorzystujące bibliotekę matplotlib języka Python

- potrafi poszerzać swoją wiedzę, wykorzystując internet i zawarte w nim przykłady rozwiązania problemów dotyczących pracy z wolnym oprogramowaniem

- umie integrować informacje z plików tekstowych pochodzących z wielu źródeł

KOMPETENCJE SPOŁECZNE

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

- wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób efektywny

- rozumie zasadę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych

Metody i kryteria oceniania:

Wykłady i ćwiczenia stanowią jedną całość. Zaliczenie poszczególnych bloków będzie się odbywało na zasadzie przygotowania mini pracy/projektu, wykorzystującego poznane umiejętności zadaneg przez prowadzących. Zaliczenie przedmiotu będzie można uzyskać po przedłożeniu samodzielnie napisanego artykułu naukowego, wykorzystując poznane na zajęciach narzędzia WO.

Praktyki zawodowe:

Nie.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/18" (w trakcie)

Okres: 2017-10-01 - 2018-01-26
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 90 godzin, 10 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Maciej Jończyk
Prowadzący grup: Maciej Jończyk
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.