Wolne oprogramowanie w nauce

ogólnouniwersyteckie

Przedmiot to wprowadzenie do systemu Linux, wiersza poleceń i systemu LaTeX (czyt. latech).

Kurs przeznaczony jest dla osób, które nie miały (lub miały małą) styczność z tymi programami.

w sali

Wolne Oprogramowanie (WO) to oprogramowanie możliwe do modyfikacji przez użytkownika i darmowe. Z tego względu jest aktywnie rozwijane (m.in. w środowisku akademickim) w odpowiedzi na bieżące potrzeby i nowe technologie.

Celem zajęć jest praktyczne zapoznanie uczestników z narzędziami Wolnego Oprogramowania stosowanymi w nauce. Umożliwi to uczestnikom efektywne czasowo opracowywanie własnych danych.

Umiejętności zdobyte podczas kursu są cenne niezależnie od późniejszej ścieżki kariery studentów – nie ograniczają się do pracy naukowej.

Tematyka zajęć

LaTeX

1. Wstęp, plusy i minusy, opcje instalacji. Struktura kodu źródłowego, jego kompilacja i generowanie plików pdf. Klasy dokumentów. Pierwszy dokument.

2. Wstawianie grafiki, transformacja obrazków na poziomie dokumentu. Automatyczne pozycjonowanie obrazków w dokumencie. Obrazki opływane przez tekst. Odwołania do obrazków.

3. Formuły matematyczne. Układ dokumentu, dokumenty jedno- i dwustronne.

4. Odstępy w dokumencie. Tabele: proste, wielostronicowe, pionowe. Układ logiczny tabeli.

5. Lokalizacja LaTeX'a – pisanie w innym języku niż angielski na przykładzie języka polskiego. Polskie reguły typograficzne. Kodowanie tekstu a znaki diakrytyczne. Użycie wielu języków w jednym dokumencie.

Jednostki w tekście.

6. Biblografia. System wbudowany w LaTeX'a vs pakiety. Baza bibliografii. Lokalizacja językowa pozycji w spisie literatury. Style cytowania stosowane w czasopismach naukowych.

7. Kolory i grafika, pakiet graficzny PGF/TikZ, tworzenie rysunków i wykresów. Tworzenie prezentacji w LaTeX'u.

8. Niestandardowe czcionki w dokumencie. Prezentacje z pakietem beamer. Dobre praktyki przygotowywania prezentacji.

Linux

9. Wolne Oprogramowanie, definicja, historia i filozofia, rola współpracy użytkowników. Fundacja Wolnego Oprogramowania (FSF) i ochrona wolności użytkowników komputerów. Free Software vs Open-source software, licencje.

Wiersz poleceń systemu Linux - Dlaczego?. Nawigacja w systemie plików. Usprawnianie pracy w trybie tekstowym.

10. Linux, wprowadzenie, różnorodność, uruchamianie z płyty CD/DVD i pendrive, opcje instalacji. Wybór programów, zarządzanie oprogramowaniem. Linux vs Windows.

Wiersz poleceń – zarządzanie plikami, kopie zapasowe danych. Wejście i wyjście danych w wierszu poleceń. Łączenie poleceń w sekwencje – potoki.

11. Baza danych w formie pliku tekstowego. Sortowanie i łączenie plików.

12. Wyszukiwanie tekstu w pliku – grep. Wyrażenia regularne.

13. Zamiana łańcuchów znaków w plikach - sed. Wyrażenia regularne.

14. Arkusz kalkulacyjny – awk. Operacje matematyczne, wybór wierszy wg warunków logicznych.

Podsumowanie – przykład użycia wiersza poleceń w bioinfomatyce.

1. William E. Shotts, Jr, „The Linux Command Line”, linuxcommand.org/tlcl.php/tlcl.php

2. Jan Goyvaerts, „Regular expressions”, www.regular-expressions.info/

3. Bruce Barnett, „The Grymoire – home for UNIX wizards”, www.grymoire.com/Unix/

4. Wikibooks contributors, „LaTeX” Wikibooks, The Free Textbook Project, en.wikibooks.org/w/index.php?title=LaTeX&oldid=3425326.

5. Tobias Oetiker and Contributors, „lshort – A short introduction to LaTeX2e”, ctan.org/tex-archive/info/lshort

WIEDZA

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

Ma pogłębioną wiedzę z zakresu praw autorskich.

Zna specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, konieczne dla rozwiązywania problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych.

Zna zalety korzystania z systemu Linux i Wolnego Oprogramowania

Wie, jak korzystać z Wolnego Oprogramowania

Zna narzędzia Wolnego Oprogramowania wykorzystywane w nauce

UMIEJĘTNOŚCI

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

Tworzy pod kierunkiem opiekuna oraz samodzielnie właściwie udokumentowane opracowania.

Wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych.

Wykazuje umiejętność wyciągania wniosków oraz formułowania sądów na podstawie danych z różnych źródeł

Potrafi wybrać i wykorzystać właściwe narzędzia informatyczne Wolnego Oprogramowania do pracy nad konkretnym problemem.

Potrafi korzystać z dowolnego systemu z rodziny Linux na poziomie środowiska tekstowego.

Potrafi efektywnie korzystać z wiersza poleceń środowiska Linux, pobierać i modyfikować duże pliki danych oraz wybierać z nich żądane informacje.

Umie integrować informacje z plików tekstowych pochodzących z wielu źródeł.

Potrafi wygenerować kod źródłowy w systemie LaTeX. Potrafi generować tabele i wstawiać ilustracje do kodu źródłowego. Potrafi dobrać pakiety odpowiednie do potrzeb.

Potrafi stworzyć prezentację przy użyciu systemu LaTeX

Potrafi utworzyć bibliografię przy użyciu systemu BibLaTeX. Jest w stanie złożyć kod źródłowy systemu LaTeX do opublikowania swoich wyników w czasopiśmie naukowym

Potrafi poszerzać swoją wiedzę, wykorzystując internet i zawarte w nim przykłady do rozwiązania problemów dotyczących pracy z wolnym oprogramowaniem

KOMPETENCJE SPOŁECZNE

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

Rozumie potrzebę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych.

Rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, inspirując rozwój tej potrzeby u innych.

Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy.

Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób efektywny

Rozumie zasadę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych

Rozumie wagę Wolnego Oprogramowania we współczesnym świecie

Zaliczenie przedmiotu na podstawie sumy punktów z

– wykonania prac domowych,

– samodzielnie napisanego artykułu w systemie LaTeX (postępy będą oceniane na bieżąco).

Nie.