Serwisy internetowe Uniwersytetu Warszawskiego | USOSownia - uniwersyteckie forum USOSoweNie jesteś zalogowany | zaloguj się
katalog przedmiotów - pomoc

Wolne oprogramowanie w nauce

Informacje ogólne

Kod przedmiotu: 1400-236WO-OG Kod Erasmus / ISCED: 11.9 / (0619) Komputeryzacja (inne)
Nazwa przedmiotu: Wolne oprogramowanie w nauce
Jednostka: Wydział Biologii
Grupy: Przedmioty ogólnouniwersyteckie na Uniwersytecie Warszawskim
Przedmioty ogólnouniwersyteckie ścisłe i spoza UW
Przedmioty ogólnouniwersyteckie Wydziału Biologii
Punkty ECTS i inne: 6.00
zobacz reguły punktacji
Język prowadzenia: polski
Rodzaj przedmiotu:

ogólnouniwersyteckie

Założenia (opisowo):

Przedmiot to wprowadzenie do systemu Linux, wiersza poleceń i systemu LaTeX (czyt. latech).

Jako taki przeznaczony jest dla osób, które nie miały (lub miały małą) styczność z tymi programami.

Tryb prowadzenia:

w sali

Skrócony opis:

Wolne Oprogramowanie (WO) to oprogramowanie możliwe do modyfikacji przez użytkownika i darmowe. Z tego względu jest aktywnie rozwijane (m.in. w środowisku akademickim) w odpowiedzi na bieżące potrzeby i nowe technologie.

Celem zajęć jest praktyczne zapoznanie uczestników z narzędziami Wolnego Oprogramowania stosowanymi w nauce. Umożliwi to uczestnikom efektywne czasowo opracowywanie własnych danych.

Zdobyte umiejętności są cenne niezależnie od późniejszej ścieżki kariery studentów – nie ograniczają się do pracy naukowej.

Pełny opis:

Tematyka wykładów

1. Wolne Oprogramowanie, definicja, historia i filozofia, rola współpracy użytkowników.

Fundacja Wolnego Oprogramowania (FSF) i ochrona wolności użytkowników komputerów.

Wolne Oprogramowanie (Free Software) a Oprogramowanie o otwartym kodzie źródłowym (Open-source), licencje.

2. Linux a inne systemy operacyjne.

Linux, wprowadzenie, różnorodność, uruchamianie z płyty CD/DVD i pendrive, opcje instalacji, wybór programów, zarządzanie oprogramowaniem.

3. Specyfika pracy w środowisku tekstowym – wiersz poleceń, główne komendy.

4. System składu tekstu TeX/LaTeX, historia, sposób pracy, zastosowania, instalacja, poszerzanie możliwości.

Porównanie LaTeX-a i systemów WYSiWYG (m.in. Word, LibreOffice Writer).

Struktura pliku źródłowego LaTeX, klasy dokumentów.

Tematyka ćwiczeń

1. Wiersz poleceń (powłoka, shell) systemu Linux, orientacja w zawartości katalogów, nawigacja między katalogami, zarządzanie plikami. Usprawnianie pracy w trybie tekstowym, wildcards, skróty klawiaturowe.

2. Praca z plikami tekstowymi z poziomu wiersza poleceń, formatowanie, m.in.: sortowanie, łączenie, tworzenie podzbiorów, wyszukiwanie i zamiana tekstu. Wstęp do wyrażeń regularnych (regex) i ich wykorzystanie. Kontrola wejścia/wyjścia, łączenie komend w ciąg (potok, pipe).

3. Wiersz poleceń, pobieranie plików z internetu, sprawdzanie poprawności danych (sumy kontrolne, checksums), archiwizacja i kompresja/dekompresja danych, wyszukiwanie plików, tworzenie kopii zapasowych. Praca z dużymi plikami na przykładzie wyników analiz wysokoprzepustowych, textmining, edytor strumieniowy sed, język programowania awk. Pisanie prostych skryptów ułatwiających pracę z plikami, automatyzacja.

4. Wstęp do LaTeX-a, klasy dokumentów, struktura pliku źródłowego, kompilacja pliku źródłowego i generowanie plików pdf. LaTeX a język polski, praca z kilkoma językami jednocześnie.

5. Zarządzanie wyglądem strony oraz strukturą tekstu i dokumentu w systemie LaTeX, dokumenty jedno- i dwustronne. Wstawianie grafiki i tabel. Wstawianie wyrażeń matematycznych. Personalizacja skryptów LaTeX-a.

6. Tworzenie bibliografii (BibLaTeX). Format bazy bibliograficznej, pobieranie wpisów z internetu, ręczne tworzenie wpisów. Tworzenie dokumentów o wysokiej jakości typograficznej. Czasopisma akceptujące submisję w formacie LaTeX. Pakiety i różnorodność zastosowań LaTeX-a.

7. Grafika w LaTeX-u, pakiet graficzny PGF/TikZ, tworzenie rysunków i wykresów. Tworzenie prezentacji w LaTeX-u.

Literatura:

1. William E. Shotts, Jr, „The Linux Command Line”, linuxcommand.org/tlcl.php/tlcl.php

2. Jan Goyvaerts, „Regular expressions”, www.regular-expressions.info/

3. Bruce Barnett, „The Grymoire – home for UNIX wizards”, www.grymoire.com/Unix/

4. Wikibooks contributors, „LaTeX” Wikibooks, The Free Textbook Project, en.wikibooks.org/w/index.php?title=LaTeX&oldid=3425326.

5. Tobias Oetiker and Contributors, „lshort – A short introduction to LaTeX2e”, ctan.org/tex-archive/info/lshort

Efekty kształcenia:

WIEDZA

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

Ma pogłębioną wiedzę z zakresu praw autorskich.

Zna specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne, konieczne dla rozwiązywania problemów studiowanej specjalności nauk biologicznych.

Zna zalety korzystania z systemu Linux i Wolnego Oprogramowania

Wie, jak korzystać z Wolnego Oprogramowania

Zna narzędzia Wolnego Oprogramowania wykorzystywane w nauce

UMIEJĘTNOŚCI

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

Tworzy pod kierunkiem opiekuna oraz samodzielnie właściwie udokumentowane opracowania.

Wykazuje umiejętność krytycznej analizy i selekcji informacji, zwłaszcza ze źródeł elektronicznych.

Wykazuje umiejętność wyciągania wniosków oraz formułowania sądów na podstawie danych z różnych źródeł

Potrafi wybrać i wykorzystać właściwe narzędzia informatyczne Wolnego Oprogramowania do pracy nad konkretnym problemem

Potrafi korzystać z dowolnego systemu z rodziny Linux na poziomie środowiska tekstowego

Potrafi efektywnie korzystać z wiersza poleceń środowiska Linux, pobierać i modyfikować duże pliki danych oraz wybierać z nich żądane informacje

Umie integrować informacje z plików tekstowych pochodzących z wielu źródeł

Potrafi wygenerować kod źródłowy w systemie LaTeX. Potrafi generować tabele i wstawiać ilustracje do kodu źródłowego. Potrafi dobrać pakiety do odpowiedniego typu dokumentu

Potrafi stworzyć prezentację przy użyciu systemu LaTeX

Potrafi utworzyć bibliografię przy użyciu systemu BibLaTeX. Jest w stanie złożyć kod źródłowy systemu LaTeX do opublikowania swoich wyników w czasopiśmie naukowym

Potrafi poszerzać swoją wiedzę, wykorzystując internet i zawarte w nim przykłady do rozwiązania problemów dotyczących pracy z wolnym oprogramowaniem

KOMPETENCJE SPOŁECZNE

Po opanowaniu materiału objętego wykładem i ćwiczeniami student:

Rozumie potrzebę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych.

Rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, inspirując rozwój tej potrzeby u innych.

Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób przedsiębiorczy.

Wykazuje inicjatywę i samodzielność w działaniach, potrafi myśleć i działać w sposób efektywny

Rozumie zasadę stałego podnoszenia swoich kompetencji zawodowych i społecznych

Rozumie wagę Wolnego Oprogramowania we współczesnym świecie

Metody i kryteria oceniania:

Warunkiem zaliczenia będzie samodzielne napisanie artykułu naukowego w systemie LaTeX, z wykorzystaniem poznanych na zajęciach narzędzi WO. Na ocenę będzie się również składał wynik kilku kartkówek, dotyczących treści wykładu.

Praktyki zawodowe:

Nie.

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2017/18" (zakończony)

Okres: 2017-10-01 - 2018-01-26
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 90 godzin, 10 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Maciej Jończyk
Prowadzący grup: Maciej Jończyk
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin

Zajęcia w cyklu "Semestr zimowy 2018/19" (jeszcze nie rozpoczęty)

Okres: 2018-10-01 - 2019-01-25
Wybrany podział planu:


powiększ
zobacz plan zajęć
Typ zajęć: Ćwiczenia, 90 godzin, 15 miejsc więcej informacji
Koordynatorzy: Maciej Jończyk
Prowadzący grup: Maciej Jończyk
Lista studentów: (nie masz dostępu)
Zaliczenie: Egzamin
Opisy przedmiotów w USOS i USOSweb są chronione prawem autorskim.
Właścicielem praw autorskich jest Uniwersytet Warszawski.